Problème de déroulement de xcmsSet

Workflow4Metabolomics LCMS
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Bonjour,
Je veux faire le retraitement de données issues d'analyses en UHPLC-MS QTOF Agilent 6546 (faites en centroid).
Les fichiers ont été convertis via proteowizard en mzXML. On a importé les fichiers sur W4M en mode collection, puis fait les étapes MSnbase readMSData et import de la sampleMetadata, on a pu visualiser les chromatogrammes avec xcms plot chromatogram, jusque là tout a fonctionné.
Puis nous avons tenté de faire l'étape xcms findChromPeaks (xcmsSet) avec les paramètres suivant :
centWave
10 ppm
Min,Max peak width in seconds : 3,18
Signal to Noise ratio cutoff : 10
Prefilter step for for the first analysis step : 3, 1000
Name of the function to calculate the m/z center of the chromatographic peak : intensity weighted mean of the peak's m/z value
Integration method : "peak limits are found trhough descent .... "
Minimum difference in m/z for peaks with overlapping retention times : 0.05
Noise filter : 1500

--> execute ....

Mais cela n'a pas fonctionné : bloc en rouge avec des messages d'erreur.
"An error occurred with this dataset: format rdata.xcms.findchrompeaks"

  • ceci :

Dataset Error Report

An error occurred while running the tool toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/lecorguille/xcms_xcmsset/abims_xcms_xcmsSet/3.12.0+galaxy0.

Details

Execution resulted in the following messages:

Fatal error: Exit code 1 ()

Tool generated the following standard error:

Error in findChromPeaks_Spectrum_list(x = spectra(object, BPPARAM = SerialParam()), : Spectra are not ordered by retention time! Calls: findChromPeaks ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> In addition: Warning message: In .local(object, param, ...) : Your data appears to be not centroided! CentWave works best on data in centroid mode. Execution halted

Il a l'air d'indiquer que les fichiers ne sont pas en centroid mais pourtant les données ont été acquises en centroid ??
Les fichiers mzXML sont assez lourd environ 140 Mo ... mais ils sont bien en centroid en visualisation sous MassHunter ...

Est-ce que vous auriez une idée de l'erreur que l'on a faite et comment la résoudre, svp ??

Merci d'avance de l'attention et de l'aide apportée !!
Cordialement,
Isabelle K.

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Bonjour Isabelle,

Il semble que ce problème de scan non triés par RT est déjà été rencontré sur xcms (findChromePeaks Error: BiocParallel errors element index: 1, 2, 3, 4, 5, 6, ... first error: Spectra are not ordered by retention time! · Issue #384 · sneumann/xcms · GitHub) mais je ne crois pas qu'il ait été résolu.

Pouvez-vous tenter de reconvertir vos fichiers .d en mzXML ou mzML en ajoutant tout de même l'option peakpicking = True (même si vos fichies sont déjà centroidisés)?

Bonne journée
Yann

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Bonjour Yann,
Merci pour le retour rapide.
On va tenter de reconvertir.

Juste quelques précisions pour reconvertir :
on avait converti les fichiers .d en mzXML via MS Convert de proteowizard (dernière version téléchargée Version: 3.0.23065-d8fc298) en mettant binary encoding precision 32-bit et dans Filters "PeakPicking" / "algorithm Vendor" / "vendor msLevel=1- "

Je n'ai pas vu où mettre "peakpicking = True" dans cette version ?
Ou faut-il utiliser l'autre proposition d'algorithm "CWT" (continuous wavelet transform) et si oui que mettre pour les paramètres "MS-Levels= ?-?" ; "Min SNR =?" et "Min peak spacing=?" ?

Merci d'avance de l'attention et de l'aide apportée,
Bonne journée,
Cordialement,
Isabelle K.

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Bonjour,
Les fichiers ont été convertis à nouveau mais en mzML et cette fois-ci ça a fonctionné.
Merci pour l'aide,
Bonne journée,
Cordialement,
Isabelle K.