Bonjour,
Je tente de lancer un workflow pour comparer une série d'échantillons de GC-Q-Orbitrap, convertis en mzML, avec la base de données NIST17, convertie en msp. J'ai essayé de le lancer plusieurs fois (par exemple, l'ID d'invocation 3cc696aadb822917), mais cela retourne une erreur comme indiqué ici :
"This job was terminated because it used more memory than it was allocated. Please click the bug icon to report this problem if you need help."
Existe-t-il un paramètre que je puisse modifier pour réduire l'utilisation de mémoire, ou est-ce que ma seule option est de diviser le fichier NIST17.msp en fichiers plus petits et de lancer plusieurs workflows différents pour chaque section de la base de données ?
Merci d'avance, bien cordialement
Bonjour @f_diaz-galiano
je n'ai pas accès à votre historique, mais j'imagine que vous avez utilisé metaMS::runGC et essayé d'utiliser votre NIST.msp comme base de référence dans le champs DB file.
L'outil R sous jacent au wrapper (metaMS) n'a pas été conçu pour gérer de "gosses" bases de données en entrée mais fait pour des bases de données utilisateur (composés std disponibles dans le labo d'analyse). Si vous voulez comparer vos spectres à la base NIST le plus simple est de télécharger le fichier .msp généré par metaMS::runGC dans Galaxy et de l'importer dans NIST MSsearch le logiciel disponible sur votre instrument. détails ici https://workflow4metabolomics.org/sites/default/files/fichiers/documents/w4m_HowToUseNIST_V01.pdf
vous pourrez ainsi comparer vos spectres avec l'ensemble des bases dont vous disposez
en espérant vous avoir aidé
Yann
Bonjour @yguitton ,
Merci beaucoup de prendre le temps d’examiner mon problème. Effectivement, j’utilise matchms en suivant le workflow importé de ce tutoriel :
https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/metabolomics/tutorials/gc_ms_with_xcms/tutorial.html
La seule différence entre le workflow du tutoriel et le mien est que je réalise la conversion .raw en .mzML hors ligne, plutôt qu’en ligne.
Le nœud qui a échoué est l’avant-dernier, "matchms similarity". En effet, après des tests avec le fichier .msp du tutoriel (contenant quelques dizaines/centaines de composés) et mes échantillons, le workflow s’exécute correctement, donc le problème semble bien venir de la taille de la base.
Le fichier que vous indiquez à télécharger depuis mon workflow est bien le .msp généré par le nœud RIAssigner, n'est-ce pas ? Cela se fait après le traitement avec xcms et RAMClustR.
En ce qui concerne NIST MSsearch, je n’ai pas toujours accès à ce logiciel, car l'ordinateur de l'instrument est souvent occupé. Y a-t-il un moyen d'utiliser Galaxy pour effectuer des comparaisons avec mon fichier NIST17.msp ?
Je m'excuse si mes questions semblent basiques, je suis en train d'apprendre à utiliser ce logiciel.
Merci encore pour votre temps et votre aide.
Bien cordialement,
Francisco