Probleme de Quast 5.0.2

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
quast plante avec le message suivant:

WARNING: Can't draw plots: python-matplotlib is missing or corrupted.

Reference:
  /shared/ifbstor1/home/santinis/raw_data/MLC_20200107.fasta ==> MLC_20200107

Contigs:
  Pre-processing...

No module named 'joblib3'
Traceback (most recent call last):
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast_libs/qutils.py", line 1049, in run_parallel
    import joblib
ModuleNotFoundError: No module named 'joblib'

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/bin/quast", line 307, in <module>
    return_code = main(sys.argv[1:])
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/bin/quast", line 107, in main
    contigs_fpaths, old_contigs_fpaths = qutils.correct_contigs(contigs_fpaths, corrected_dirpath, labels, reporting)
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast_libs/qutils.py", line 180, in correct_contigs
    old_fpaths, corr_fpaths, broken_scaffold_fpaths, logs, is_fatal_error = run_parallel(parallel_correct_contigs, parallel_run_args, n_jobs)
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast_libs/qutils.py", line 1064, in run_parallel
    from joblib3 import Parallel, delayed
ModuleNotFoundError: No module named 'joblib3'
ERROR! exception caught!

Merci d'avance @team.software
Seb.

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Installation de Matplotlib dans l'env de Quast en cours ...

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Dès Production-> IFB Conda est vert, tu pourras retester

4

Merci beaucoup!
:pray:

5

Bonjour Gildas,
le même message persiste malgré cette opération.
Seb.

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Est-ce que tu peux tenter quelque chose comme ça :

module load quast
python -c 'import joblib'
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renvoie:

Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in
ModuleNotFoundError: No module named 'joblib'

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tout semble maintenant fonctionner.
Merci.

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Qu'as-tu fait entre temps ?

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d'après ce que je comprends:

  • Si je source un script pour charger plusieurs modules et préparer l'environment, j'ai l'erreur et quast ne fonctionne pas
  • Si je charge le module à la main, il n'y a pas d'erreur et quast fonctionne

voici la boucle utilisée pour le chrgement des modules (j'ai mis ça en place car je débute avec module et ne le connais pas assez pour lui faire charger une liste de modules préselectionnés).

for i in cat /shared/projects/form_2022_016/softwares/modules.list
do
MODULE=echo $i | cut -f 1 -d "/"
PRESENT=module list | grep -c ${MODULE}
if [[ "${PRESENT}" -eq "0" ]]
then
echo "loading module" $i
module load $i
fi
done

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On peut aussi load plusieurs modules via un seul
module load tool1/version tool2/version

Sinon, il faut toujours un peu se méfier quand on empile des modules. Par exemple, si plusieurs outils sont sur base de R, perl ou python, c'est le dernier module chargé qui gagne.

Ainsi, il est préférable de charger le module nécessaire juste avant de lancer l'outil :

module  purge
module load tool1/version
tool1 blabla
module unload tool1/version

module load tool2/version
tool2 blabla
module unload tool2/version
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Super !
Merci pour l'explication, je vais mettre ça en pratique.