Bonjour,
Je suis entrain de travailler sur le cluster de l'IFB. J'ai lancé un mapping avec bwaaln en sbatch. Mais après 24h d'avancement, il s'est arrêté en disant que c'est à cause d'un temps limite. Je ne sais pas quoi faire dans ce cas. J'avais le mème problème en faisant la mème chose et j'ai augmenté le nombre de processeurs de 4 à 8 mais je ne pense que c'était pas la bonne solution.
Merci de m'aider à résoudre mon problème.
Bonne journée,
Wejden,
Bonjour Wejden,
Par défaut, les jobs utilise une partition appelée "fast" (une partition dans la terminoligue Slurm est un regroupement de machines et de paramètres). Cette partition limite le temps d'exécution à 1 journée.
Pour un job plus long, il faut utiliser la partition "long" avec l'option --partition=long. Cette dernière est limitée à 10 jours.
http://taskforce-nncr.gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/doc/slurm_user_guide/#-partitionltpartition_namesgt-p
Pour voir la liste des partitions, on peut utiliser sinfo
Cela devrait être bon en spécifiant ce paramètre, n'hésitez pas à revenir vers nous dans le cas contraire.
Bonne journée.
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