Bonjour,
Pour le process de mes données LC-MS je fais les différentes étapes de xcms puis j'utilise le RData issu du fillPeaks pour faire tourner CAMERA.annotate. Je me retrouve avec une erreur parce qu'il n'arrive pas à trouver mes .mzml. Effectivement ils étaient déjà supprimés mais pourquoi a-t-il besoin de retourner dans les mzml alors qu'il a un RData ??
Toutes les étapes de xcms à partir du groupChromPeaks se déroulent correctement sans les mzml.
Est-ce qu'il y a un moyen de passer à travers cette erreur sans avoir à recommencer du début et recharger mes 120 Go de mzml ?
Merci
Léa
Bonjour @lea_phegnon
CAMERA annotate utilise les données brutes pour calculer les corrélation chromatographiques entre les EIC.
Si votre collection de fichiers est disponible dans un de vos historiques il vous est possible de la réimporter dans votre nouvel historique et de la liée en utilisant l'option "Resubmit you raw dataset" qui es en bas des paramètres de CAMERA.annotate
L'autre option est d'utiliser séparément les modules de CAMERA que nous avons récemment divisé pour plus d'adaptabilité.
L'ensemble de CAMERA .annotate est alors remplacé par CAMERA.groupFWHM puis CAMERA.groupCorr, CAMERA.findisotopes CAMERA.findAdducts
ces nouveaux modules disposent d'options plus fines de paramétrage qui pourront je pense vous aider
le premier module permet de sélectionner un échantillon de référence pour les corrélation et vous n'auriez ainsi que quelques fichiers voir seul fichier QC à importer dans voter historique. dans l'exemple j'ai mis 1 dans "use all samples" ce qui veux dire que seul le fichier en premier (1) dans la collection est utilisé si vous en choisissez plusieurs vous pouvez inscrire dans le champ 1,2,3 pour les 3 premier ou 1,8,12 si seuls les fichiers 1, 8 et 12 doivent servirent pour la corrélation.
j'espère que cette explication vous permettra d'avancer dans votre analyse
Yann
Bonjour,
Merci pour la réponse et les explications.
J'ai finalement réussi en exportant mon RData sorti de fillPeaks pour faire tourner CAMERA directement sur R et je n'ai pas de problème concernant les mzml inexistants.
Sur W4M il semble effectivement avoir besoin des mzml, il serait peut-être bien de le préciser quelque part pour que les fichiers ne soient pas supprimés trop tot.
Merci encore
Léa
