Problème picard tools

Bonjour,

J'utilise picard MarkDuplicates (script plus bas) sur un échantillon mais le job s'arrête. J'ai vu dans les fichiers .err le message suivant :

Les discussions semblent indiquer qu'il faut que j'augmente les valeurs par défaut le mémoire utilisé par la machine virtuelle Java (JVM) mais je n'ai pas réussi à trouver comment faire ça.

Merci en avance pour votre aide !

Nisha

Bonjour,
tu peux utiliser l'argument -Xmx pour augmenter la mémoire max :

picard -Xmx8g MarkDuplicates -I bam ... 

Pour donner 8G de RAM à JVM.
Ca équivaudrait à

java -Xmx8g -jar picard.jar MarkDuplicates ...

voir Pass JVM memory settings to Picard · Issue #36 · MonashBioinformaticsPlatform/RNAsik-pipe · GitHub
et
Tool documentation

Il faut aussi augmenter la memoire dans ton sbatch avec #SBATCH --mem.
J'espère que ça aide!
Bon week-end,

Magali

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Ça a marché, merci!