Bonjour,
J'utilise picard MarkDuplicates (script plus bas) sur un échantillon mais le job s'arrête. J'ai vu dans les fichiers .err le message suivant :
Les discussions semblent indiquer qu'il faut que j'augmente les valeurs par défaut le mémoire utilisé par la machine virtuelle Java (JVM) mais je n'ai pas réussi à trouver comment faire ça.
Merci en avance pour votre aide !
Nisha
Mag
Juin 24, 2022, 2:24
2
Bonjour,
tu peux utiliser l'argument -Xmx pour augmenter la mémoire max :
picard -Xmx8g MarkDuplicates -I bam ...
Pour donner 8G de RAM à JVM.
Ca équivaudrait à
java -Xmx8g -jar picard.jar MarkDuplicates ...
voir Pass JVM memory settings to Picard · Issue #36 · MonashBioinformaticsPlatform/RNAsik-pipe · GitHub
et
Tool documentation
Il faut aussi augmenter la memoire dans ton sbatch avec #SBATCH --mem
.
J'espère que ça aide!
Bon week-end,
Magali
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