Bonjour,
tu peux utiliser l'argument -Xmx pour augmenter la mémoire max :
picard -Xmx8g MarkDuplicates -I bam ...
Pour donner 8G de RAM à JVM.
Ca équivaudrait à
java -Xmx8g -jar picard.jar MarkDuplicates ...
voir Pass JVM memory settings to Picard · Issue #36 · MonashBioinformaticsPlatform/RNAsik-pipe · GitHub
et
Tool documentation
Il faut aussi augmenter la memoire dans ton sbatch avec #SBATCH --mem.
J'espère que ça aide!
Bon week-end,
Magali