Problème pour commande et execution de longQC

IFB Core Cluster
#1

Bonjour à tous,

j'essaye d'utiliser longqc afin d'avoir des stat sur mes données long reads mais malgré la lecture des pages github aucune commande ne fonctionne. je n'arrive même pas à avoir l'aide sur le cluster une fois le module chargé ...
j'ai testé srun python3 longQC.py sampleqc --ont -s ${sample} -p 10 -o ${folder_sampleqc} ${long_read}
srun longQC sampleqc --ont -s ${sample} -p 10 -o ${folder_sampleqc} ${long_read}

j'ai toujours des erreurs de ce type
slurmstepd: error: task/cgroup: unable to add task[pid=18027] to memory cg '(null)'
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.7/bin/python3: can't open file 'longQC.py': [Errno 2] No such file or directory

quelqu'un pourrait -il m'aider je ne vois pas ce qui m'échappe ???

Merci ++++ par avance

Chloé

#2

Bonjour,

Pouvais vous essayer sans préciser la version de python et en utilisant par exemple les commandes suivantes:

module load longqc
longQC.py --version
srun longQC.py --help
#3

merci beaucoup @Francois !!
ça tourne grâce à votre aide !

Chloé

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