Bonjour,
J'ai un problème de Disk quota exceeded depuis 2 jours sur mon projet arcahe alors que quand je me login, il est affiché que j'ai utilisé 7715 / 10000 GB. J'ai l'impresion que ce n'est pas le cas et que je n'ai plus d'espace dispo...
Y a-t-il une commande permettant de voir le quota restant sur un projet ?
J'utilise un pipeline nextflow qui genere beaucoup de fichiers et repertoires temporaires mais l'analyse est presque terminée et je pourrai ensuite libérer au moins 3TB. En attendant, pourriez vous m'ajouter 1TB que je puisse finir svp ? Merci d'avance
Bonjour,
C'est le nombre de fichiers qui pose problème. La limite est de 1 millions de fichiers par To, soit une limite de 10 000 000 de fichiers (limite soft, dépassement temporaire possible) pour votre projet de 10TB. La limite hard (qui empêche l'écriture) est de 15 000 000 de fichiers.
Actuellement, vous êtes à la limite hard avec 14 999 996 fichiers.
Pour consulter les quotas, vous pouvez:
- récupérer le numéro de projet avec la commande "getent group arcahe"
arcahe:*:162187:...
Le numéro de projet est ici 162187. - Interroger le quota pour ce projet avec la commande "lfs quota -p 162187 -h /shared/projects/arcahe":
Disk quotas for prj 162187 (pid 162187):
Filesystem used quota limit grace files quota limit grace
/shared/projects/arcahe
7.534T 9.766T 14.65T - 14999996* 10000000 15000000 none
Combien de fichiers supplémentaires estimez-vous devoir créer ? Et combien seront libérés à la fin de l'analyse ?
Cordialement,
Guillaume
Bonjour, bonne année et merci pour votre réponse !
A la fin de l'analyse je vais supprimer un directory (work dir de nextflow) qui contient deja 12 569 249 fichiers... il ne reste plus beaucoup d'étapes pour l'analyse mais c'est difficile d'estimer combien de fichiers seront créés, peut être 2-3 millions de plus. Pensez vous qu'on puisse augmenter temporairement ce nombre de fichiers sur mon projet ? Bien entendu, je les supprime tous dès que c'est terminé.
Merci d'avance et bonne journée à vous.
Juliette
Bonjour Juliette,
Avant d'augmenter, j'aimerais être sûr que tout le nécessaire a bien été fait pour limiter le nombre de fichier et la quantité de stockage utilisé.
Votre utilisation est en effet très importante et j'ai le sentiment qu'il y aurait moyen de limiter énormément cet usage: suppression des dossiers/fichiers temporaires (busco_sequences/*/*.fna *.faa), suppression des fichiers "output" (*.out), réunir tous les dossiers dupliqués (*/augustus_config/species), etc.
Avez-vous bien vérifié tous vos résultats/données et essayé de limiter l'usage ?
Si besoin, on peut en discuter (ici ou via un message direct) ou on peut vous donner plus de détail sur les espaces utilisés.
Bonjour,
Oui très bonne suggestion, je vais regarder tout ça de plus près, et ça serait super si on pouvait aussi en discuter par message direct. Par mail ou un autre moyen ? Merci en tous cas