Bonjour,
Le problème a débuter au retour des vacances de Noël ( tout était ok pendant les vacances). Depuis la rentrée, je n'arrive plus à me connecter correctement sur Rstudio. "erreur gateway 504". En nettoyant mon espace, en supprimant des fichiers, il y a eu une amélioration. Toutefois, ma connexion reste très instable Rstudio "plante" ou me marque " gateway 502" ( même problème sur jupyter ou via ondemandclusterFrance.bioinformatique). Ma collaboratrice qui travail sur le même espace de travail que le mien à le même problème. Nous travaillons actuellement sur des données single cells. Pourriez-vous nous aider? Merci d'avance
Bonjour,
Travaillez-vous en même temps avec RStudio sur le même espace projet ?
Avez-vous le problème si vous êtes seule à y travailler ?
Nous recommandons d'utiliser RStudio sur ondemand.
Demandez-vous suffisamment de ressources ? Si vous lancez un traitement qui utilise tous les CPU alloués, l'interface web RStudio va en pâtir et pourrait "planter" ou "ne plus répondre".
Bonjour,
Merci pour votre retour,
Actuellement je ne travaille pas en même temps que ma collègue sur le projet commun mais oui c'est possible que cela arrive.
Par ailleurs, j'étais jusqu'a présent sur 2core et 20G je suis passé a 2 core + 40G. c'est encore lent mais je dirai qu'il y a un petit mieux, j'ai enfin pu passer le cap de SCT transform après une niéme tentative, est ce que je dois augmenter encore ? Merci d'avance
Bonjour,
RStudio (ou même Jupyter) ne me semble pas très adapté à un usage sur le même projet de façon simultané. Pas de souçi pour partager/collaborer au sein d'un projet, mais ces outils ne sont pas adapté pour que plusieurs utilisateurs travaillent en même temps sur les mêmes scripts/fichiers. Vigilance donc !
Côté ressources, essayez également d'augmenter les ressources CPU.
Sinon, il faudrait nous détailler cette "lenteur" (est-ce que l'interface web ne réponds pas ? la lecture/écriture des fichiers qui est lente ? le traitement qui prends du temps ?).
Bonjour,
Merci, je prends note pour la collaboration/partage du projet.
Nous ne travaillons pas sur les mêmes fichiers pour limiter le problème mais on essaiera de bien se coordonner pour éviter de se chevaucher, voir on scindera le projet en 2.
En ce qui concerne la lenteur: le principale problème est vraiment l'interface web me semble t-il , la lecture écriture/fichiers est rapide et le temps de traitement est assez raisonnable sachant que je travaille sur 1 ou 2 jeu de données mais pas vraiment plus.
En effet, au vu de vos jobs, il y a beaucoup d'erreur "Out Of Memory" (manque de mémoire).
Ce qui explique des plantages.
Pas mal de "timeout" également (le job a expiré, il faut alors demander plus de temps si besoin).
Pour les "lenteurs de l'interface web", nous ne constatons pas d'anomalie.
Nous n'avons pas non plus d'autre remontés de ce type.
Y'a p'têtre quelque chose qui méchappe, mais du coup, pour moi, c'est soit des ressources demandées insufisantes ou des lenteurs de votre côté (réseau ou poste de travail). Pour éliminer la partie réseau, le plus simple est d'essayer sur un autre site (en évitant le wifi). Côté poste de travail, surveiller l'utilisation (ou essayer su un autre poste).