Si j'active manuellement l'environement conda et que je lance la ligne de commande donnée dans ce message d'erreur, tout se passe bien. Du coup je ne sais pas comment identifier la source du problème. J'utilise la version 7.32.4 de snakemake.
merci beaucoup pour votre réponse. Effectivement le problème venait de là, avec snakemake/7.15.1 je n'avais pas besoin de spécifier la mémoire mais avec snakemake/7.32.4 cela est devenu nécessaire pour ce pipeline avec les mêmes entrées.
Je fais maintenant face à un autre problème lié à l'interaction conda/snakemake qui fait que biopython n'est pas trouvé alors qu'il est bien présent dans l'environnement. Le pipeline me donne l'erreur:
/shared/ifbstor1/home/vranwez/LRR_ANNOT/GeneModelTransfer/SNAKEMAKE/../bin/create_LRRome.sh /shared/ifbstor1/home/vranwez/LRR_ANNOT/COMBINED_REF_LRROME/IRGSP_SVEVO_2A.fasta /shared/ifbstor1/home/vranwez/LRR_ANNOT/COMBINED_REF_LRROME/IRGSP_SVEVO_2A.gf
f /shared/ifbstor1/home/vranwez/LRR_ANNOT/LRR_TRANSFERT_OUTPUTS_2A NULL /shared/ifbstor1/home/vranwez/LRR_ANNOT/GeneModelTransfer/SNAKEMAKE/../SCRIPT
Activating conda environment: .snakemake/conda/5902bf8fa7e02c4484d338646ab15f21_
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/home/vranwez/LRR_ANNOT/GeneModelTransfer/SNAKEMAKE/../SCRIPT/Extract_sequences_from_genome.py", line 12, in
from Bio import SeqIO
ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'
Mon problème est que si j’active à la main l’environnement conda .snakemake/conda/5902bf8fa7e02c4484d338646ab15f21_ (indiqué comme activé dans le message d'erreur) et que je lance ensuite la commande indiquée dans ce même message (avec un copier/coller) tout se passe bien (même en étant connecté à un noeud de calculs) et du coup je n’ai aucune idée de comment avancer sur ce problème.