Problème "user namespaces"

IFB Core Cluster
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Bonjour, je me permets de vous écrire car je souhaite lancer un workflow snakemake et lors du lancement deux erreurs apparaissent :

  • "/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory"
    de ce que je comprends le fichier tclsh n'existe pas (mon job tourne quand malgrès cette erreur)
  • " /shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
    INFO : A system administrator may need to enable user namespaces, install
    INFO : apptainer-suid, or compile with ./mconfig --with-suid
    e[91mERROR : Failed to create user namespace: user namespace disabled"
    La seconde erreur par contre est plus problèmatique et ne me permet pas de continuer le job.
    comment peut-on résoudre ces erreurs? (mise a jour de apptainer vers la version 1.2.5?)
    En vous remerciant par avance,
    Baptiste PIERRE
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Bonjour,

Comment lancez-vous votre job (depuis les serveurs core.cluster.france-bioinformatique.fr, https://ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr/, ...) ?

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Bonjour,
je fais un sbatch du script runSnakemake.sh
le script runSnakemake.sh contient :
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=long
#SBATCH --cpus-per-task=30
#SBATCH --mem=120G
#SBATCH -o vitis_test_1.log
#SBATCH -J vitis_test_1
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
#SBATCH --mail-user=baptiste.pierre@inrae.fr

module purge
module load singularity
module load graphviz/2.40.1
module load samtools/1.18

echo "Commande apptainer run :"
apptainer run /shared/ifbstor1/projects/plastivigne/pan1c/appimgs/pan1c-box.sif snakemake -c $(nproc) --dag | dot -Tsvg > workflow.svg
echo "Commande time :"
/usr/bin/time -v -o whole.run.time.log apptainer run /shared/ifbstor1/projects/plastivigne/pan1c/appimgs/pan1c-box.sif snakemake -c $(nproc)

En vous remerciant de l'aide que vous m'apportez,
bien respectueusement,
Baptiste PIERRE

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Bonjour @bpierre2

Pardon, on a deux "bpierre" et j'ai confondu.

apptainer est bien installé avec le setsuid (apptainer buildcfg APPTAINER_SUID_INSTALL).
On essai quelque chose et on revient vers vous.

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Bonjour @bpierre2

Désolé pour ce retour tardif.
Il manquait bien le setsuid sur certains noeuds.
C'est corrigé.
Ca devrait donc rouler maintenant (sur tous les noeuds).

A bientôt

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Bonjour,
J'ai cette même erreur lors du lancement d'un workflow snakemake : /shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
Mais cela ne concerne que certains jobs, serait-ce possible qu'il y ai un problème avec le setsuid sur certains noeuds ? Le problème est arrivé pour un job lancé sur le noeud 17

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Bonjour,

En effet, le noeud 17 a un problème. Nous le sortons du cluster.
L'erreur ne devrait pas se reproduire (au moins sur ce noeud).

Bonne journée

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J'ai de nouveau cette erreur mais pour le noeud 15 cette fois.

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J'ai dû mal à comprendre le problème.
Nous avons sortit le noeud 15 du cluster. Merci pour l'info.