Problème utilisation HiCExplorer

Bonjour,

J'ai un soucis quand je lance HiCExplorer sur le cluster. Lorsque je demande plus d'informations pour l'une des fonctions de ce module grâce à l'option -h (par exemple hicPlotMatrix -h), j'obtiens ce message d'erreur :

@glelandais, une des membres de mon équipe (@pierrepo) a également testé et tout fonctionne correctement.
Je n'arrive pas à comprendre l'origine de ce problème et comment le résoudre.

Je vous remercie par avance de votre aide.

Cordialement
Goran

Bonjour @groyer, c'est probablement lié a la librairie pandas qui est installée dans votre home (/shared/home/groyer/.local/lib/python3.10/site-packages/pandas) qui empêche HiCExplorer de charger sa propre version de pandas.

Pour corriger ca vous pouvez soit supprimer la librairie pandas installée dans votre home ou installer dans votre home une version de pandas compatible avec la version d'HiCExplorer que vous utilisez.

Si vous souhaitez garder les packages python (et leurs versions) qui sont dans votre home, je vous conseille de créer un virtualenv et des les installer dedans (vous pouvez récupérer tous les packages python installés avec pip freeze), ca évite ce genre de conflits quand on charge un logiciel avec module load

Bonjour,

Désormais tout fonctionne.

Je vous remercie :slightly_smiling_face:

Goran

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