Problème utilisation module (deepvariant 1.6.0)

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour,
J'ai à priori un soucis d'utilisation de deepvariant 1.6.0, lorsque je le lance en bash, ces messages d'avertissement apparaissent dans le log, je ne sais pas si c'est pénalisant :

/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
        LANGUAGE = (unset),
        LC_ALL = (unset),
        LC_CTYPE = "C.UTF-8",
        LANG = "fr_FR.UTF-8"
    are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to the standard locale ("C").
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
        LANGUAGE = (unset),
        LC_ALL = (unset),
        LC_CTYPE = "C.UTF-8",
        LANG = "fr_FR.UTF-8"
    are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to the standard locale ("C").
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory

A priori quand je spécifie une région particulière l'analyse se lance et produit des fichiers de sortie tels qu'attendus (un vcf, un gvcf et un fichier rapport html), en revanche en l'absence de spécification de région l'analyse ne semble pas se lancer et le job continue de tourner sans rien produire. Je ne sais pas si ce comportement est lié aux messages du log.
Pour info voici le script lancé :

#!/bin/bash

#SBATCH -J DVBOO1
#SBATCH -o DVB001.%j.out
#SBATCH -e DVB001.%j.err
#SBATCH --mem 5G
#SBATCH -c 1

export PATH="$PATH:/usr/bin/tclsh"
export TMPDIR="$PWD/tmp_dir"
module load deepvariant/1.6.0
INPUT_DIR="${PWD}/bams"
OUTPUT_DIR="${PWD}/output"

run_deepvariant \
  --model_type=WGS \
  --ref="${INPUT_DIR}/OglaRS2.ADWL02-allCtgsIRIGIN_TOG5681.dedup8095-NR.fasta" \
  --reads="${INPUT_DIR}/B001.RG.bam" \
  --output_vcf="${OUTPUT_DIR}/B001.vcf.gz" \
  --output_gvcf="${OUTPUT_DIR}/B001.g.vcf.gz" \
  --intermediate_results_dir "${OUTPUT_DIR}/intermediate_results_dir" \
  --num_shards=1
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Bonjour @pcubry, ces warnings ne devraient pas être problématiques pour le fonctionnement de l'outil mais je vais voir pour les résoudre (ca fait pas très propre dans les logs effectivement).

Est-ce que vous êtes sur que le job ne produit rien ou tourne dans le vide ? De ce que je vois dans la doc de deepvariant il est assez gourmand, pour obtenir les résultats affichés ils ont besoin de 64 cpus, alors que vous en utilisez 1 seul.
Pouvez vous essayer d'augmenter la mémoire et les coeurs alloués à votre job ? Ca peut simplement être un problème de ressources.

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Bonjour @arthurlebars, merci pour ce retour. A priori je fait tourner la même version de deepvariant sur le cluster itrop de l'IRD avec 1 à 4 CPUs sur les mêmes jeux de données et il produit des sorties sans problème. J'avais également essayer sur le cluster IFB core avec 5 ou 10 CPUs et même constat, quand je lui spécifie une région particulière il produit les fichiers temporaires attendus, le log s'incrémente et l'analyse se déroule sans soucis, quand je ne spécifie pas de région précise il semble tourner dans le vide (cas que je n'observe pas à itrop). Merci en tout cas pour votre aide.

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Bizarre effectivement, on utilise pourtant l'image docker officielle fournie par google, mais il y a peut être un conflit quelque part. Je vais enquêter.