Bonjour,
J'ai fait tourner plusieurs fois Treemix sur la partition long pour déterminer le nombre optimal d'angles de migration m, avec 15 repetitions pour chaque m, et j'ai rencontré plusieurs problèmes:
- le job ne s'arrête pas (tjs en statut RUNNING) alors qu'il n'y a plus de fichiers output générés
- chaque combinaison rep*m génère 7 fichiers output ; or certaines combinaisons n'ont pas ce nombre, ce qui pose des pbms dans l'analyse optM
Avez-vous déjà rencontré ce type de problèmes ? Y a-t-il des solutions connues ? J'ai trouvé peu de choses sur la toile...ci-dessous le script bash .
Merci d'avance pour votre aide,
Emmanuel
#!/bin/bash
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err
#SBATCH --mail-type END
#SBATCH --mail-user wicker@cirad.fr
#
#SBATCH --partition long
#SBATCH --cpus-per-task 12
#SBATCH --mem 10GB
#for choosing the optimal m: number of migration events
module purge
module load treemix/1.13
# Bibliography: usually 10 to 15 iterations are made
mkdir test2_pol
for m in {1..15} #set the migration edges. Ranged to 15
do
for i in {1..15} #set the number of runs per m (number chosen from Daron 2021)
do
treemix \
-i tr4c3p_input.gz \
-o ./test2_pol/tr4c3p.${i}.${m} \
-global \
-m ${m} \
-k 500 #to account for LD, SNPs are grouped by blocks of 500 (from Daron et al 2021)
done
done