ProFIA - "Fatal error"

Bonjour, Je souhaiterais utiliser proFIA pour retraiter mes données mais ça ne marche pas et j'ai le message d'erreur suivant:
"Fatal error: Exit code 1 ()
Tool generated the following standard error:
arguments 'minimized' and 'invisible' are for Windows only
Error in unzip(zipfile, list = T) :
zip file '/shared/ifbstor1/galaxy/datasets/005/258/dataset_5258006.dat' cannot be opened
Execution halted"

J'ai converti mes données acquises avec un LTQ-orbitrap grâce MSconvert, j'ai chargé le dossier zippé avec 7zip sur W4M mais quand je lance proFIA ça ne marche pas. J'ai surement loupé une étape mais je ne vois pas laquelle.
merci beaucoup par avance et bonne journée

Bonjour

Merci pour ce signalement.

Pouvez-vous partager l'historique avec moi ?

Bonne journée

Bonjour,
j'ai exporté l'historique (lien ci-après) Est-ce que cela suffit?
merci beaucoup,
Maud

https://workflow4metabolomics.usegalaxy.fr/api/histories/0c7330d993bfde51/exports/590718c085e0700a

Bonjour Maud,

Votre lien ne me permet pas de voir votre historique, pourriez-vous passez par le menu en haut à droite pour créer le lien de partage?

Merci
image

Bonjour,
voici le lien:

merci

Bonjour Maud

Je regarde ça au plus vite, merci pour le lien
Yann

Bonjour @maud

En changeant le C12.7zip en C12.zip (une option de 7 zip permet de choisir d'enregister en ZIP), j'arrive a éviter l'erreur de lecture ' Error in unzip(zipfile, list = T) :'

Mais j'ai une nouvelle erreur liée à l'espace mémoire disponible pour l'outil "This job was terminated because it used more memory than it was allocated."

@Lain @tchaussepied vous pourriez augmenter le quota mémoire de l'outil toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/ethevenot/profia/profia/3.1.0 ?

Bonne journée

Bonjour,

Je profite de la demande d'augmentation de mémoire d'un outil pour informer qu'il y a un autre outil qui aurait besoin de plus de mémoire. J'attendais de finir mes tests pour faire la demande histoire de demander un quota adéquat, mais pour l'heure je sais déjà qu'il faudrait plus de 10GB car sur un autre outil qui fait un calcul similaire et qui est à 10GB, ça ne passe pas même après relance.

Du coup, quitte à ajouter plus de quota à ProFia, si vous pouviez en profiter pour mettre aussi plus de quota à "Between-table correlations" ("corr_table": toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/melpetera/corr_table/corrtable/1.0.0) avec un mem: 12 ou mem: 16 ça fait d'une pierre deux coups (pour info pour l'instant l'outil a l'allocation de mémoire par defaut).

Merci !

Bonjour Yann,
pour profia, 4Go de mémoire serait-il suffisant? (actuellement, il est à 2Go)

Bonjour @Lain

Merci, je pense que 4 Go est un bon début

Yann

Ça devrait bientôt être bon pour profia (4Go) et pour corr table (12Go)
@melpetera @yguitton

les MR sont ici:

Bonnes analyses, et bonne journée!

Lain

EDIT: les changements devraient être effectifs, maintenant.