j'utilise DEXseq pour une partie de mes analyses, je dois préparer le fichier d'annotation GFF avec le script script dexseq_prepare_annotation.py (fourni par le package dexseq).
Pour utiliser ce script, j'ai besoin du package python HTSeq comme c'est précisé dans la doc :
Je ne suis pas très à l'aise avec les packages python, est-ce que cela est installé sur le cluster ? si oui comment l'appeler et si non est ce possible de l'installer svp.
j'utilise le package R de DEXseq avec Rstudio sur le cluster.
Pour le cluster, je n'utilise pas d'environnement précis, jusqu’à maintenant j'ai importé, à chaque fois, les outils dont j'avais besoin. (ça répond a la question ?)
Ici de ce que j'ai compris, j'ai juste besoin de python HTSeq pour lancer le script dexseq_prepare_annotation.py. C'est précisé dans la doc page 4 (paragraphe 2.3) et page 5 (paragraphe 2.4).