Bonjour à tous,
Je travaille de plus en plus avec la suite bcftools qui utilises des fichiers de variant préférentiellement compressés, vcf.gz ou bcf.
Ma question est toute simple, est ce que l'un de ces formats est plus efficace en compression/vitesse d'utilisation ?
Je ne suis pas sûre que les bcf soit facilement utilisable par l'ensemble des outils dédiés à la manipulation des fichiers VCF, mais pour des travaux "simples" intersection/merge sur des gros fichiers les bcftools sont quand même efficace, alors ça peut valoir le coup d'optimiser encore leur utilisation.
Bonne journée à tous, et joyeux Noël !!
Maria
PS: un petit ping spécial @team.dnaseq
!