Bonjour et bonne rentrée !
Y'a-t-il une valeur minimum ne pas dépasser pour le paramètre de bandwidth (bw) de xcms group ? Si oui, comment la déterminer ? Si j'ai bien compris ce paramètre : si je mets une valeur trop petite je risque de ne pas regrouper des ions ensemble (alors qu'ils le sont), n'est-ce pas ?
Merci
Bonjour
La valeur minimale de bw lors de l'alignement peut être 0 secondes en théorie, mais j'j'ai jamais testé. Ce processus d'alignement group puis retcorr peut aussi être faite de manière progressive 20 sec puis 10 puis 3 par exemple, mais tout dépend du décalage de RT observé entre échantillons. Vous pouvez l'estimer en comparant les RT de qq ions entre début et fin de batch.
Bonne journée
Yann
merci de la réponse !