R code execution error; cannot open file '/shared/home/../.local/share/rstudio/sessions/active/

Bonjour,
Je travaille sur le script d' analyse d expression différentielle, et quand j' ai voulu faire un heatmap, par la fonction de la librarie "pheatmap" , j' ai eu l' erreur suivant, qui continuait de s' afficher multiples fois, même si j' exécute d' autres commandes après...
J' ai essayé un heatmap affiché à la console, et un sauvegardé en png(), tous les deux avec même message d' erreur.
J ai aussi essayé de diminuer les data à afficher dans le heatmap ( jusq à 1000 lignes) mais je le vois toujours.

create_heatmap(sig.norm_counts,colData.dds,"Heatmap_CTRL-DM1" )
Error in file(file, "wb") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "wb") :
  cannot open file '/shared/home/mkondili/.local/share/rstudio/sessions/active/session-3d9ed17d/graphics-r3/1279d96c-b5b3-43a9-8d23-9c34c78a8df8.snapshot': Disk quota exceeded
Graphics error: Plot rendering error
Graphics error: Plot file error
Graphics error: Plot file error
Graphics error: Plot file error
Graphics error: Plot file error

Enfin, j' ai éteint la session, je me suis reconnectée ,et sauvegardé le graph en png, avec succès !
Mais aujourd hui ,quand je reouvre la session :

Error in file(file, "wb") : cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: In file.remove(outfile) :
  cannot remove file '/shared/home/mkondili/.local/share/rstudio/sessions/active/session-83d63f0e/suspended-session-data/environmentTmp', reason 'No such file or directory'
2: In file(file, "wb") :
  cannot open file '/shared/home/mkondili/.local/share/rstudio/sessions/active/session-83d63f0e/suspended-session-data/libpaths': No such file or directory
Error saving session (libpaths): R code execution error
Error saving session (search_path): R code execution error

Que ce passe t-il avec la session et mon espace disque?
Auriez vous une idée comment résoudre ça ?

Cordialement,
mk

Bonjour @maria_myologie ,

Votre espace sur le home a atteint le nombre maximum de fichiers.
Vous avez 101854 fichiers (limite à 100 000 fichiers). La taille est elle ok :74Go sur les 100Go.

Pouvez-vous faire un peu de ménage et ressayer ?

Note: les environnements conda produisent potentiellement beaucoup de fichiers. Ça vaut donc le coup de supprimer les environnements inutilisés.

Bonjour Maria,
Oui tout a fait, le package seurat est disponible sur presque toutes les version de R installés sur le cluster (merci @fanch :)).
Il suffit donc de charger l'environnement de base:

module load r/r4.1.1  # ou autre version

Bonne journée

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