R - Demande de packages : apt.oncoscan.2.4.0 ; OncoScan.na36.r1 ; OncoScanCNV.na36.r1 ; affy.CN.norm.data ; BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
1

Chère @team.r, chère @team.ifbcorecluster,

Je fais suite à la suggestion de dbenaben d'utiliser le cluster pour faire tourner un script d'analyse des CNV (EaCoN)

Je crois avoir compris qu'il faut vous solliciter pour toute demande d'installation de nouveau package ?
( message d'erreur en tentant
devtools::install_github("gustaveroussy/apt.oncoscan.2.4.0", force = TRUE)

Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.10), R 3.5.1 (2018-07-02)
Installing package(s) 'affxparser'
Warning in install.packages(...) :
'lib = "/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.5.1/lib/R/library"' is not writable
Error in install.packages(...) : unable to install packages
Calls: ... tryCatchList -> tryCatchOne -> -> .inet_error
Execution halted
)

Vous serait il possible d'installer dans r-3.5.1 les packages suivants qui sont les dépendances de EaCoN ?
devtools::install_github("gustaveroussy/apt.oncoscan.2.4.0", force = TRUE)
install.packages("https://partage.gustaveroussy.fr/pydio_public/582a03?dl=true&file=/OncoScan.na36.r1_0.1.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages( "https://partage.gustaveroussy.fr/pydio_public/41d8af?dl=true&file=/OncoScanCNV.na36.r1_0.1.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("https://partage.gustaveroussy.fr/pydio_public/67ac3e?dl=true&file=/affy.CN.norm.data_0.1.3.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38")

Un grand merci par avance ++

S'il y a une façon de le faire soit même désolé de ne pas l'avoir trouvé :-s

Bien cordialement

Guillaume Beinse

3

Bonjour Guillaume,

Pouvez vous tester avec le module R 3.6.3 ?

A noter que R Studio utilise cette version de R (3.6.3) et donc si vous voulez reproduire le même comportement sur le cluster, c'est peut-être mieux d'utiliser la même version.

De plus et de manière général, nous voulons éviter, dans la mesure du possible d'installer de nouveau package sur R 3.5.1 qui est obsolète.

Notre objectif de ne maintenir notre version de R sur la même version que bioconductor, actuelement la version 3.10 de bioconductor utilise R 3.6 et la version 3.11 utilise R 4.0:

https://bioconductor.org/news/bioc_3_10_release/

https://bioconductor.org/news/bioc_3_11_release/

4

Bonjour @Francois @team.ifbcorecluster

Un grand merci pour avoir pu installer les packages listés sur le R 3.6.3.

En effet je pensais qu'utiliser le 3.5 pouvait simplifier des problèmes de compatibilité mais parfais pour le 3.6.

J'ai pu faire tourner mon script, qui s'arrête donc sur l'erreur pour laquelle j'avais sollicité @dbenaben. Grace au cluster j'ai le détail de l'erreur ! ^^ je reprend donc sur l'autre conversation.

Encore un grand merci pour votre aide et votre disponibilité !!

Bien à vous tous

Guillaume

1 « J'aime »