R markdown export to pdf

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour

Nous (@Arianna_Tonazzolli et @jvanhelden ) avons un fichier Rmd qui compile et exporte en html mais pas en pdf.

Voici le message d'erreur .

! LaTeX Error: File `iftex.sty' not found.

! Emergency stop.
<read *> 

! pdflatex: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.1.1/lib/libtiff.so.5: no version information available (required by /lib64/libpoppler.so.46)

Error: LaTeX failed to compile metadata_analysis_report.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See metadata_analysis_report.log for more info.
Execution halted

Pourriez-vous vérifier ce qui cloche ?

Merci

Jacques

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Bonjour @Arianna_Tonazzolli, @jvanhelden,

Vous pouvez essayer ça dans la console R ?

install.packages("tinytex")
tinytex::install_tinytex()

Je n'arrive pas à bien cerner le problème.
J'ai reproduit l'erreur mais après quelques essais et la suppression des paquets installés dans mon home (rm -rf ~/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.1/), tout fonctionne...

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Merci @dbenaben now it is working. However, while in html file plots are shown, in pdf file not. Why?

Best Regards,
Arianna

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I don't know (it works on my test). Do you have any error ?
Which package are you using (ggplot2,... ) ? Maybe you can try to reinstall it ( install.packages("<package>")...