ReadMS ne lit pas certains fichiers mzXML

Dans mon historique, je charge un par un des fichiers mzXML exporté via le logiciel constructeur Data Analysis Bruker. Il s'agit d'échantillons analysés par LCMS haute résolution. Chacun pèse environ 400Mo.

Le chargement se passe bien mais sur 10 fichiers, il y en a 3 qui ne passent l'étape de lecture (readMS). C'est d'autant plus surprenant que je lis ces fichiers sur mz mine pour tracer les EIC et travaille en parallèle sur XCMS en local sans problème.

Du coup, pour mes fichiers manquants, j'ai récupéré les répertoires .d et ai fait la conversion avec le compassXport. J'obtiens des fichiers de 800Mo que W4M lit.

Mais la centroïdisation n'étant probablement pas la même, le nombre de pics trouvés n'est plus le même que le XCMS local.

Merci de votre aide

ping @team.w4m

Bonjour @cbonnefoy

Quel est l'erreur remontée ? Cela pourrait peut-être nous permettre d'avancer (si c'est toujours d'actualité)