Dans mon historique, je charge un par un des fichiers mzXML exporté via le logiciel constructeur Data Analysis Bruker. Il s'agit d'échantillons analysés par LCMS haute résolution. Chacun pèse environ 400Mo.
Le chargement se passe bien mais sur 10 fichiers, il y en a 3 qui ne passent l'étape de lecture (readMS). C'est d'autant plus surprenant que je lis ces fichiers sur mz mine pour tracer les EIC et travaille en parallèle sur XCMS en local sans problème.
Du coup, pour mes fichiers manquants, j'ai récupéré les répertoires .d et ai fait la conversion avec le compassXport. J'obtiens des fichiers de 800Mo que W4M lit.
Mais la centroïdisation n'étant probablement pas la même, le nombre de pics trouvés n'est plus le même que le XCMS local.
Merci de votre aide
Bonjour @cbonnefoy
Quel est l'erreur remontée ? Cela pourrait peut-être nous permettre d'avancer (si c'est toujours d'actualité)
Bonjour à tous,
Je reviens vers vous toujours avec le même problème de fichier non lu par readMS.
2 fichiers sur une cinquantaine.
Cette fois ci la solution d'export via Compass Xport n'a pas fonctionné.
Je ne pense pas que cela vient de l'acquisition car j'ai fait plus tests et entre autres j'arrive à lire un export netCDF du même échantillon. J'arrive même à faire une dataset collection avec 2 copains mzXML et la recherche de pics fonctionne aussi. Par contre, ça plante après quand on fait findPeaks Merge.
J'ai aussi testé l'outil msConvert. Celui de W4M et celui téléchargé localement sur mon PC
Sur W4M, il ne sait pas quoi lire dans les fichiers BRUKER. J'ai fait un export mzXML via Compass Xport et quand j'utilise le ms Convert de W4M j'ai le même genre de message que BOUBAKER.
Quand j'utilise msConvert, je ne sais pas quoi utiliser comme algorithme et je ne retrouve pas la même visualisation TIC que le fichier original qui est lu par mz mine.
Merci de votre aide
Le dernier export Compass est un fichier Profile non line directement
Bonjour,
J'essaye de résumer. Vous avez des fichiers .D Bruker que vous pouvez convertir en CDF et traiter avec MZmine ou xcms en local sans problème.
Mais quand vous les convertissez en mzXML avec MSconvert (en les centroidisant avec l'option peakpicking = true) alors vous avez de manière aléatoire des erreurs de lecture pour certains fichiers dans Galaxy. C'est bien ça?
Je n'ai pas d'idée sur l'origine du problème, mais pourriez-vous vérifier la taille des fichiers en erreur. Peut-être qu' une fois importés dans galaxy ils n'ont pas la taille attendue et il y aurait un problème lors du transfert.
Pour MSconvert, il y a cette video https://www.youtube.com/watch?v=e2GfrJinTAk
pour les fichiers .D la configuration "vendor prefered" est la meilleure option.
Mais comme certains fichiers passent je doute que ce soit l'origine de votre problème.
Pour votre observation sur les TIC différents entre logiciels, il est possible que l'un affiche un TIC et l'autre un BPC.
Yann
Bonjour Yann,
Victoire grâce à vous ce matin 
J'ai refait les conversions avec ms convert ce matin après avoir lue la video https://www.youtube.com/watch?v=e2GfrJinTAk
Il faut commencer par virer tout avant d'ajouter le peak picking et bien décocher zlib compression.
Les fichiers obtenus donnent bien des TICs superposables à l'original.
J'ai importé sur W4M et les 2 fichiers passent maintenant l'étape readMS.
Je vous remercie encore.
Christelle