Après 5 ans d'utilisation de W4M c'est la première fois que je rencontre ce problème. Mes fichiers sont convertis en mzXML par MSconvert (proteowizard) et ils viennent d'un Orbitrap Thermo. J'ai essayé de faire tourner séparemment les fichiers qui ne chargent pas mais ils se lisent bien lorsqu'ils sont pas dans un même jeu de données (History). J'ai aussi essayé de séparer les fichiers en deux et en fonction de l'organisation du répertoire de départ parfois ce sont des échantillons de QC qu'il ne voit pas, parfois des témoins.....donc ce n'est pas toujours les mêmes échantillons qui ne sont pas lu. Je n'ai aucun message d'erreur de la part de W4M. Pourriez vous m'aider avec ce problème svp ? merci d'avance. Sur mes 49 fichiers parfois il en voit 33- 34 ou maximun 36.
Bonjour,
ceci est étrange en effet. Il y a des soucis de stockage (voir bannière bleue tout en haut de la page), c'est peut-être lié. Avez-vous réessayé depuis?
Pour info:
Sur mon poste les données d'entrée sont bien lues par msnbase_readmsdata/2.16.1+galaxy0, et tous les fichier sont extratis (49 fichiers).
Sur usegalaxy, seuls 35 fichiers sont lus.
Les fichiers qui ne sont pas lus sont uniquement les 14 derniers fichiers.
Leur nom (caractère spéciaux, etc...) n'est pas en cause.
Environement usegalaxy (fail):
toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/lecorguille/msnbase_readmsdata/msnbase_readmsdata/2.16.1+galaxy0
R version 4.0.3 (2020-10-10)
Main packages:
batch 1.1.5 MSnbase 2.16.1 ProtGenerics 1.22.0 S4Vectors 0.28.1 mzR 2.24.1 Rcpp 1.0.6 Biobase 2.50.0 BiocGenerics 0.36.0
Environnement perso (success):
toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/lecorguille/msnbase_readmsdata/msnbase_readmsdata/2.16.1+galaxy0
R version 4.0.5 (2021-03-31)
Main packages:
batch 1.1.5 MSnbase 2.16.1 ProtGenerics 1.22.0 S4Vectors 0.28.1 mzR 2.24.1 Rcpp 1.0.8 Biobase 2.50.0 BiocGenerics 0.36.0
Si quelqu'un a déjà vu quelque chose de similaire... @team.galaxy