readMSData - "R_TempDir" error

Workflow4Metabolomics
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Bonjour,

J'essaye matin de transformer des fichiers mzML en raw.RData mais j'obtiens l'erreur Fatal error: cannot create 'R_TempDir'
cat: log.txt: No such file or directory
de manière aléatoire sur 5~6 fichiers du dataset (61 fichiers au total). J'ai relancé plusieurs fois le module et les erreurs apparraissent de manière aléatoire sur les fichiers, ça ne semble pas lié à un en particulier.
J'ai lancé la même manip le 23 juillet et tout marchait bien avec 61 autres fichiers mais lorsque je reprends les données mzML de cette date et que j'essaye de les reconvertir ça ne marche pas non plus.

Merci d'avance,

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Update: J'ai réussi à convertir tous les fichiers de la collection en raw.RData en forçant la répétition mais le même soucis survient lorsque je me sers du module findChromPeaks.

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Bonjour, j'ai le même soucis. Cela ne vient pas des données en elles-même. @team.galaxy, vous pourriez regarder d'où vient le soucis s'il vous plait :slight_smile: Merci

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Bonjour,

Normalement, c'est rentré dans l'ordre :crossed_fingers:
Nous n'avions pas repéré que certains de nos nodes de calcul étaient full au niveau de leurs /tmp

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