Bonjour à tous,
Je vais (peut être) devoir faire de la détection de variants pour une espèce qui n'a pas de génome de référence. Le séquençage serait du whole Genome sequencing sur des échantillons poolés (autrement appelé PoolSeq).
Est ce que vous avez des retours d'expériences sur DiscoSNP. Est ce que vous pensez que le poolSeq peut être un problème?
Connaissez vous d'autres outils qui feraient de la détection denovo pour lesquels vous avez de bon échos ?
Bonne journée
Maria
Salut,
alors je me trompe peut-être mais la principale difficulté que je vois viendra effectivement de ton pool car du coup potentiellement à chaque position le variant caller pourra voir les 4 bases représentées alors qu'a priori il s'attend à avoir max 2 alleles (pour un échantillon "normal"). Après, ton espèce est même polyploïde histoire de simplifier les choses hehehe
N'hésites pas à demander à Pierre Peterlongo, c'est quelqu'un de très bien et très gentil qui va sûrement te répondre rapidement : https://www.biostars.org/t/discosnp/