je suis en train d'essayer de retraiter des données GC-MS avec W4M. Comme ce sont des données acquises par simple quad, j'opte pour l'algorithme MatchedFilter. Est-ce un bon choix ? N'étant pas familier avec cet algorithme, j'ai du mal à trouver les paramètres optimaux. Avez-vous des indices pour m'aider à trouver ces valeurs ?
Pour la suite du workflow, j'utilise le module metaMS.runGC. J'ai quelques questions par rapport à son utilisation :
Je lui importe un fichier Rdata issu d'un merger (entre ma samplemetada et mon rdata xcmsSet). A-t-il un avantage de lui importer un Rdata issu de la phase du group et/ou fillPeaks ?
Sur la datamatrix de sortie, que représentent les valeurs (intensité, aire sous la courbe) ?
Pour matchedFilter vous avez bon, pour les paramètres il faut regarder vos chromato au préalable et voir comment sont vos pics (taille, intensité, bruit, etc...) et ajuster les votre car ils sont différents pour chaque manip !
Le grouping va permettre de regrouper vos différents pics donc il est plutot important je dirais. Le fillpeaks peut être un peu moins mais bon il peut être fait tout de même
Pour la sortie l'intensité est celle du pic et l'aire sous la courbe est l'aire sous le pic correspondant
le tuto je l'ai trouvé comme ça en tapant "GC" dans le
moteur de recherche : Search GTN Materials
Je voulais commencer par metaMS.runGC car sur le papier ça me parait le plus simple. J'essaierai la solution RAMClustR plus tard.
Je vais essayer de trouver une explication claire pour matchedFilter pour comprendre et choisir les bonnes valeurs. Si quelqu'un a des ressources je suis preneur !
" Le grouping va permettre de regrouper vos différents pics donc il est plutot important je dirais. Le fillpeaks peut être un peu moins mais bon il peut être fait tout de même" ==> je pensais que le module metaMS.runGC faisait une sorte de grouping. Je testerai avec un grouping au préalable pour voir les différences éventuelles.
"Pour la sortie l'intensité est celle du pic et l'aire sous la courbe est l'aire sous le pic correspondant" ==> pas clair pour moi. Je parle des valeurs que l'on a dans la datamatrix en sortie de metaMS.runGC. C'est des intensités ou des aires ?
Autre question : je veux interroger une base de données toujours avec le module metaMS.runGC mais cette base doit respecter des regles. Quelles sont-elles ?
Pour l'interrogation de bases de données MetaMS utilisé le format. msp, celui de la bdd Nist que vous avez certainement sur votre gcms. En sortie de METAMS, un fichier msp avec l'ensemble des spectres deconvolués trouvés dans vos données est généré. Il suffit de le télécharger pour l'ouvrir avec votre base nist et le tour est joué. C'est aussi une façon de démarrer une base de spectres pour votre labo.
