Rstudio Core Server difficulté de lancer et la version R à mettre à jour

Bonjour,

chaque nouvelle demande de session, il va quand même loader quelques packages /dépendences qui ne sont pas 100% liées en causant des erreurs

Difficile à dire sans plus de détail. Probablement lié à votre workflow/session/RData.

dans ce cas je devrais réaliser des installations sur Python (terminal)
est qu'il est possible de réaliser ce genre d'installation, si oui, par quel moyen ?

Via pip install --user
umap-learn est disponible sur le cluster. Mais modules n'est pas disponibles sur RStudio.
Vous pouvez essayer ça: Lancement d'outils via "module load" dans un Notebook R sous Rstudio IFB cluster - #2 par Francois
Mais attention, RStudio est réservé à un usage "interactif". Pour lancer des traitements, il faut passer par le cluster et sbatch