Rstudio (ondemande) impossble installer package rcdk et dépendance rJava

Bonjour la @team.r

Je reviens sur Rstudio après un moment d 'absence et je bloque sur l'installation de packages rdck entre autre. J'ai tenté par install.packages et aussi via le terminal avec apt-get install r-cran.

J'ai peut-être un souci d'espace disque mais je ne sais pas comment faire le ménage n'étant pas du tout spécialiste de lignes de commande. j'ai essayé lfs quota -h -p 164306 /shared/home/yguitton dans le terminal Rstudio..mais ça doit pas se faire ici ^^

bref quelques conseils seraient salvateurs

Bel été
Yann

Salut Yann,

Oula :slight_smile:

Tu accèdes à RStudio via Open Ondemand?

Nous pouvons aussi tenter de les installer si tu veux ?

Sinon, comment à tu procédés ?

Pas étonnant, apt-get est une commande réservée aux administrateurs via le compte root

Non, pas depuis RStudio mais depuis un terminal.
Nous avons amélioré les status_bars qui s'affiche quand on se connecte au cluster en ssh pour afficher les quotas du home et les quota en nombre de fichier. On peut en effet ne pas dépasser en Octets mais en nombre de fichier oui.

$  lfs project -d /shared/home/yguitton/
160690 P /shared/home/yguitton/
$ lfs quota -p 160690 /shared/home/yguitton/
Disk quotas for prj 160690 (pid 160690):
     Filesystem  kbytes   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace 
/shared/home/yguitton/ 
                14357532  104857600 157286400       -  112473* 100000  150000    none

On voit que tu dépasses le nombre de fichier 112473/100000

Penses-tu pouvoir faire du ménage quelque part ?

Salut @gildaslecorguille

Merci pour le retour, j'ai essayé de "ranger ma chambre" mais comme je ne sais pas accéder au cluster en ssh, j'ai simplement fait du ménage dans mes sessions jupyterhub et rstudio. Mais il reste peut-être des fichiers dans une corbeille qq part et je sais pas faire ^^:

vous avez un tuto qq part?

j'accède bien via open ondemande (c'est sympa d'ailleurs)

j'ai besoin des packages suivants:

ce dernier à une dépendance à rJava et je pense que c'est le problème

Merci

Au que si !
Capture d’écran 2024-07-22 à 11.27.52

ou dans un Jupyterlab ou même sous RStudio, tu as accès à un terminal.