Rtools4Emergen : un package R pour interroger EMERGEN-DB

Bonjour,

Nous venons de créer un package R dénommé Rtools4Emergen, accessible en public, qui contiendra des fonctions pour interroger l'interface programmatique d'EMERGEN, réaliser des analyses statistiques et produire des tableaux de résultats et des figures.

Le package est accessible ici :

https://gitlab.com/ifb-elixirfr/covid19/rtools4emergen

Le package utilise l'interface programmatique REST d'EMERGEN-DB.

https://emergen-db.france-bioinformatique.fr/my_api/

L'accès est actuellement limité aux personnes disposant d'un login, et du rôle de data anlyst.
Nous étendrons très prochainement les fonctionnalités pour fournir des exemples de requêtes accessibles aux différents rôles :

  • data analyst : accès aux prélèvement individuels et aux séquences génomiques consensus
  • data reporter : accès aux tableaux de données agrégées
  • data submitter : soumission de données et accès aux données soumises par les autres membres de sa propre équipe
  • data broker : soumission de données aux dépôts internationaux
  • public: tableaux et graphiques accessibles à tout public, sans nécessité de disposer d'un login, et utilisées notamment sur la page Web d'EMERGEN-DB (https://emergen-db.france-bioinformatique.fr/)

Nous publierons prochainement les informations sur les nouvelles fonctionnalités implémentées.

Cordialement

@jvanhelden
@thomasdenecker
@imanemessak

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