Bonjour à tous,
Je travaille actuellement sur des données de RNA-sequencing (36 RNA-seq soit 72 fasta) et lorsque je lance mon run pour l'analyse, j'ai à peine assez de temps pour terminer le fastqc sans même parler du trimming et d'alignement et de comptage. Je sais que la limite d'utilisation par session est de 12h mais comment faire pour lancer une analyse qui pourrait prendre une semaine sans qu'elle soit interrompue ?
Merci d'avance pour vos réponses,
Céline
Bonjour @Celine, vous devez sans doute préciser pour quel projet les ressources doivent être utilisées, avec l'option --account (ou -A) dans les instructions slurm. Comment est-ce que vous lancez vos jobs ? Avec sbatch, srun, ou directement sur un noeud ?
Il y a une doc qui devrait pouvoir vous aider ici: https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/slurm/slurm_user_guide.
Je vous met un petit exemple des instructions conseillées dans un script sbatch:
#SBATCH --account=<your_project>
#SBATCH --partition=long
module load fastqc
fastqc ...
Si vous n'avez pas de projet, vous pouvez en demander un sur le gestionnaire de compte: https://my.cluster.france-bioinformatique.fr
Bonjour @arthurlebars, merci beaucoup pour votre précieux conseil. J'ai lancé mon job avec sbatch avec cette commande " sbatch -A chondor --cpus-per-task=7 --mem=250G Code\ RNA-sequencing.sh " j'ai l'impression que depuis malgré les déconnexions le script continu de tourner donc merci à vous !
Bonne soirée,
Céline