Bonjour
Je veux ouvrir des datasets .h5ad (python) avec R.
J'ai fait plusieurs essais mais sans succès.
-Essai1 :
library(SeuratDisk)
Convert("example_dir/example_ad.h5ad", ".h5seurat")
# This creates a copy of this .h5ad object reformatted into .h5seurat inside the example_dir directory
cela fonctionne mais avec plein de warning et d'erreur mais j'ai tout de même mon fichier .h5seurat
Warning: Unknown file type: h5ad
Warning: 'assay' not set, setting to 'RNA'
Creating h5Seurat file for version 3.1.5.9900
Adding X as scale.data
Adding X as data
Adding X as counts
Adding meta.features from var
Error in dfgroup$obj_copy_to(dst_loc = dfgroup, dst_name = tname, src_name = i) :
HDF5-API Errors:
error #000: H5Ocopy.c in H5Ocopy(): line 233: unable to copy object
class: HDF5
major: Object header
minor: Unable to copy object
[...]
error #005: H5Fint.c in H5F__dest(): line 1277: problems closing file
class: HDF5
major: File
# This .d5seurat object can then be read in manually
seuratObject <- LoadH5Seurat("example_dir/example_ad.h5Seurat")
Sans succès avec comme message d'erreur :
Error: Cannot find dataset with cell names
-Essai2 :
library(SCP)
library(reticulate)
sc <- import("scanpy")
et il me donne un message d'erreur :
Error in py_module_import(module, convert = convert) :
ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy'
J'ai donc essayé d'installer scanpy via la fonction reticulate :
reticulate::py_install('scanpy')
mais là encore message d'erreur :
EnvironmentNotWritableError: The current user does not have write permissions to the target environment.
environment location: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.1.1
uid: 100124
gid: 100124
Error: one or more Python packages failed to install [error code 1]
Ducoup je ne peux pas exécuter la fin de mon test d'ouverture de fichier .h5ad python avecR qui devreit être
adata <- sc$read_h5ad("pancreas.h5ad")
srt <- adata_to_srt(adata)
srt
Ma question est double:
Question1 : est ce que qq'un a déjà ouvert des datasets.h5ad sous R ? si oui comment?
Question2 : le message d'erreur suite à l'essai d'installation de scanpy peut il être contourné?
Merci à tous de votre aide
Isabelle