Script killed analyse GSEA

IFB Core Cluster
1

Bonjour,
Lorsque je lance mon script (qui marche d'habitude très bien), il se fait kill au moment de lancer l'analyse GSEA :
gsea_res.comp1 <- gseDO(my_rnk_genes.comp1,
minGSSize = 15,
maxGSSize = 500,
pvalueCutoff = 0.1,
pAdjustMethod = "BH",
seed=42,
by="fgsea" )
using 'fgsea' for GSEA analysis, please cite Korotkevich et al (2019).

preparing geneSet collections...
GSEA analysis...
Killed
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE), FALSE) :
ignoring SIGPIPE signal
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE), FALSE) :
ignoring SIGPIPE signal
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE), FALSE) :
ignoring SIGPIPE signal
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE), FALSE) :
ignoring SIGPIPE signal
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE), FALSE) :
ignoring SIGPIPE signal
Error in sendMaster(try(eval(expr, env), silent = TRUE), FALSE) :
ignoring SIGPIPE signal

Est-ce que vous pensez que c'est une question de mémoire ? J'utilise déjà 16G lorsque je fais appel à mon script, ce qui ne posait pas de problème pour d'autres jeux de données:
#!/bin/bash

#SBATCH --partition=fast
#SBATCH --job-name=Downstream_analysis_R
#SBATCH --output=Downstream_analysis_R%j.out
#SBATCH --error=Downstream_analysis_R%j.err
#SBATCH --mem=16G

Merci pour votre aide

2

Bonjour,

Le job est "failed", c'est à dire que votre script à renvoyer une erreur (ce n'est pas un "out of memory" ou autre).
Il faut donc regarder la sortie pour essayer de comprendre l'erreur.
En regardant votre sortie, on voit bien qu'il y a des warning et un erreur:

Warning messages:
1: In preparePathwaysAndStats(pathways, stats, minSize, maxSize, gseaParam,  :
  There are ties in the preranked stats (0.09% of the list).
The order of those tied genes will be arbitrary, which may produce unexpected results.
2: In preparePathwaysAndStats(pathways, stats, minSize, maxSize, gseaParam,  :
  There are duplicate gene names, fgsea may produce unexpected results.
3: In preparePathwaysAndStats(pathways, stats, minSize, maxSize, gseaParam,  :
  There are ties in the preranked stats (0.09% of the list).
The order of those tied genes will be arbitrary, which may produce unexpected results.
4: In preparePathwaysAndStats(pathways, stats, minSize, maxSize, gseaParam,  :
  There are duplicate gene names, fgsea may produce unexpected results.
5: In fgseaMultilevel(pathways = pathways, stats = stats, minSize = minSize,  :
  For some pathways, in reality P-values are less than 1e-10. You can set the `eps` argument to zero for better estimation.
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway"...
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa"...
Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : 
  replacement has length zero
Calls: print ... expand_limits_discrete_trans -> expand_limits_continuous_trans -> ifelse
In addition: Warning message:
In rep(yes, length.out = len) : 'x' is NULL so the result will be NULL
Execution halted
Command exited with non-zero status 1

Je vous laisse regarder pourquoi.

Essayer de vous rapprocher d'une plateforme de bioinformatique pour une formation sur les cluster de calcul (par exemple proposé par GenoToul: https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/). Vous aurez alors toutes les billes pour vous dépatouiller.