Segfault error avec Rscript en bash ou dans un worklow snakemake

Support scientifique et technique
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Bonjour à tous,
Je rencontre un problème avec l'appel d'un Script R en bash ou dans un workflow Snakemake. De manière aléatoire, le run s'interrompt avec une erreur

*** caught segfault ***
address 0x6000001d, cause 'memory not mapped'

L'interruption n'est pas toujours au même stade du run, et pour certains fichiers l'exécution va jusqu'au bout.
Je ne sais pas vraiment comment identifier le problème.
Peut-il s'agir d'un problème d'allocation de mémoire ? Ci-joint une capture de l'un des runs qui ont échoué.

       JobID    JobName      User              Submit  ReqCPUS     ReqMem               Start        NodeList      State    CPUTime  MaxVMSize 
------------ ---------- --------- ------------------- -------- ---------- ------------------- --------------- ---------- ---------- ---------- 
16679439      snakemake  mburbage 2021-05-20T14:08:13       16      200Gn 2021-05-20T14:08:13     cpu-node-31     FAILED   01:26:40            
16679439.ba+      batch           2021-05-20T14:08:13       16      200Gn 2021-05-20T14:08:13     cpu-node-31     FAILED   01:26:40  24807696K

Merci d'avance pour votre aide,
Marianne

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@mburbage , n'as-tu pas une sorte de Traceback: dans les logs de ton run ?

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Résolu depuis hier avec la création d'un environnement conda spécial et l'option --use-conda de snakemake (avec l'ordre des chanels pour l'environnement conda où conda-forge est placé avant bioconda pour éviter les conflits dans les packages R).

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