Bonjour,
Pour un projet de l'EBAII de nov. j'aurais besoin de la mise à jour du génome du boeuf et de l'installation de celui de la chèvre.
bos tauris: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_002263795.3/
capra hircus: Capra hircus genome assembly ARS1.2 - NCBI - NLM
avec les index pour du mapping Star si possible.
Merci d'avance !
Claire.
Oups ! je n'avais pas vu que la chèvre était déjà présente dans /shared/bank... Donc une mise à jour aussi (et index star).
Et en fait, il faudrait aussi les annotations associées : gff, transcrits (gff3,rna,cds,protein,genome,seq-report). Il y a une commande curl "tout en un" qui est proposée en cliquant sur l'onglet "curl".
Désolée pour cette demande en multiple étapes ...
@team.bank help ! 
@clairetn si jamais ça vous intéresse de participer, on peut vous donner la possibilité de modifier les banques en place sur l'IFB (/shared/bank).
Et aussi intégrer la @team.bank (vous serez alors potentiellement notifié pour aider à l'installation ou la mise à jour de banque)..
Nous n'avons pas encore automatisé la gestion de ces banques.
Tout ça est encore assez manuel:
Gestion du dossier /shared/bank :
- 1 dossier par banque de données
Dans chacun de ces dossiers :
- 1 fichier
README, dérivant la banque et comment la mettre a jour (commandes à exécuter) - 1 dossier par version installée avec pour nom de dossier
<version>ou<date-iso> - 1 lien "
current" qui pointe vers la dernière version du dossier en date
Exemple:
/shared/bank/nt
├─ current -> 2022-O1-18
├─ 2021-01-29
├─ 2022-01-18
└─ README.txt
Rien n'est figé dans le marbre. A adapter ou discuter au besoin
Pourquoi pas ?
Vous avez les commandes qq part pour les index (bowtie2, star, etc) ?
C'est fait. Il faut qques heures pour que les permissions (lecture/écriture dans /shared/bank) se propagent.
Ne pas hésiter à discuter si besoin.
Pour les commandes, il faut se référer au site web ou le spécifier dans le fichier README 
Ok. Je testerais l'install des 2 génomes après-demain.
Pour les commandes, le "site web" mentionné, c'est celui du dépôt source (pas celui de l'IFB) je suppose.
Je spécifierai dans le README car je trouve super la présence de ce READMe pour les autres bank que j'ai déjà utilisées.
Oui oui, pour les commandes, je parlais bien du dépôt source.
Et je suis tout à fait d'accord, les fichiers README, c'est bien
ok.
D'autres nouvelles d'ici qq jours.
Merci.
Hello @dbenaben.
Je suis aussi volontaire pour rejoindre la @team.bank.
D'autant plus qu'on a identifié qu'il faudrait idéalement mettre à jour quelques banques supplémentaires pour l'EBAII de Novembre.
D'ailleurs, il faudra penser à bien identifier les banques qui viennent de RefSeq (NCBI) de celles qui viennent d'Ensembl, parce que ça change pas mal de choses, notamment dans les annotations.
Hello @ppericard
Cool ! Je viens de t'ajouter au groupe (il faut qques heures pour que les permissions soient bien propagées).
Si y 'a besoin de revoir certaines banques, je pense qu'il n'y a pas de soucis (juste bien documenté, cf. fichier README) et en discuter si besoin.
Il y a des scripts ici :
[glecorguille@core-login2 _scripts]$ ls /shared/bank/_scripts/
blast.sbatch bowtie2-build.sbatch bwa-index.sbatch dram.sbatch hisat2-build.sbatch mmseqq.sbatch refseq.sbatch snpeff.sbatch star-genomeGenerate.sbatch
bmtool.sbatch bowtie-build.sbatch diamond-makedb.sbatch genbank.sbatch kraken2.sbatch picard-CreateSequenceDictionary.sbatch samtools-faidx.sbatch srprims.sbatch uniprot.sbatch
Il faudra préciser sbatch -A 2315_ebaii_2 ... car dans le script, c'est l'account admin dans lequel vous n'êtes pas qui est en dur;
Cool, d'avoir de l'aide sur les banques
1 « J'aime »
Wouah ! Trop top les scripts !!!
Comme je ne suis pas affectée au projet 2315_ebaii_2, j'ai utilisé le ebaii2020 pour lequel j'ai accès et qui me semblait dans le même "thème" (j’eus pu aussi utiliser le form_2022_32, mais je ne l'ai pas repéré tout de suite).
Pas sûre que l'espace pour ebaii_n1_2023 soit déjà dispo ?