Bonjour,
Je me permets de vous relancer suite au post " Module load r fail dans session intéractive". Notre alternante essaie de lancer le pipeline nfcore RNA-seq (que j'ai déjà lancé plusieurs fois sans problèmes), mais a toujours le problème suivant :
Command error:
env: ‘singularity’: No such file or directory
Je l'ai donc relancé de mon côté dans un dossier à part (/shared/projects/human_msc_rnaseq/Test_pipeline_Manon_Fastqs). Lors du 1er lancement j'obtiens ceci dans le .log :
environment: line 38: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
environment: line 38: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
environment: line 38: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
environment: line 38: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
environment: line 38: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
et essentiellement ceci dans le .err :
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
/var/spool/slurm/slurmd/job44963518/slurm_script: line 36: nextflow: command not found
Lors des autres lancement j'obtiens la même erreur qu'elle.
Voici le script de lancement bash :
#SBATCH --job-name=nfCore_RNAseq # job name in the job queue
#SBATCH --output=nfCore_RNAseq%j.out # Log file of execution
#SBATCH --error=nfCore_RNAseq%j.err # Error log file
Load Nextflow and Singularity environment modules
module purge
module load nextflow
module load singularity
module load python/3.12
module load openjdk
module load git
git init
git clone GitHub - nf-core/rnaseq: RNA sequencing analysis pipeline using STAR, RSEM, HISAT2 or Salmon with gene/isoform counts and extensive quality control.
fastq_path="/shared/ifbstor1/projects/mouse_retina_rna_seq/FASTQ/"
python3 Create_samplesheet_nfcoreRNA-seq.py $fastq_path
samplesheet="./samplesheet.csv" # Please verify the samplesheet.csv file
outdir="./nfCoreRNA_outputs" # The results will be generated in this folder and you will receive an email when the pipeline has completed
These are Genome and GTF files by default but you can modify them
GenomeRef="/shared/bank/mus_musculus/latest_genome/latest_ensembl/fasta/Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa"
StarIndex="/shared/bank/mus_musculus/latest_genome/latest_ensembl/fasta/Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa.fai"
gtf="/shared/bank/mus_musculus/latest_genome/latest_ensembl/gtf/Mus_musculus.GRCm39.110.gtf"
Run a downloaded/git-cloned nextflow workflow
nextflow run nf-core/rnaseq/ -resume -profile ifb_core -r 3.18.0 --input $samplesheet --fasta $GenomeRef --gtf $gtf --star_index $StarIndex --aligner star_rsem --email $email --save_reference --outdir $outdir -c rnaseq/nextflow.config -with-report -with-dag flowchart.png
Vous m'aviez dit dans un autre post qu'il n'y avait pas de problème concernant singularity, avez-vous une idéee d'où peut venir le problème et comment le régler ?
Merci pour votre aide
Rebecca