Bonjour
En essayant d'exécuter un programme via Singularity, je reçois systématiquement le message :
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
J'ai vu qu'il y avait dans le forum d'autres problèmes similaires (Cellranger ou InterProScan par exemple) mais je n'ai pas vu de réponse pour corriger le problème.
Le problème semble lié à Singularity
Hello,
Idem, depuis quelques jours je lance un workflow nfcore (que j'ai déjà utilisé avec succès sur l'IFB Core Cluster) avec les commandes suivantes (erreur obtenue avec sbatch ou srun, et avec nextflow/23.04.1 ou nextflow/24.04.4):
module load singularity
module load nextflow/24.04.4
srun -A catseq_gitlpd nextflow run nf-core/cutandrun -profile singularity --input /shared/projects/catseq_gitlpd/samplesheets/cutandrun/samplesheet_2025_TA_DITcutandrun.csv --fasta /shared/projects/catseq_gitlpd/genome/GRCh38/Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.gz --gtf /shared/projects/catseq_gitlpd/genome/GRCh38/Homo_sapiens.GRCh38.112.gtf.gz --blacklist /shared/projects/catseq_gitlpd/genome/GRCh38/hg38-blacklist.v2.bed --spikein_genome K12-MG1655 --igenomes_ignore --genome GRCh38 --save_reference --peakcaller 'seacr,MACS2' --use_control --seacr_norm norm --seacr_stringent stringent --seacr_peak_threshold 0.05 --macs2_pvalue 0.05 --macs2_narrow_peak --macs2_broad_cutoff 0.00001 --macs_gsize 2940000000 --replicate_threshold 1 --consensus_peak_mode all --multiqc_title 2025_TA_DITcutandrun --normalisation_mode CPM --outdir /shared/projects/catseq_gitlpd/cutandrun_out
Le pipeline aborte assez rapidement avec une erreur que je n'arrive pas à corriger car je n'en saisis pas bien la cause.
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
slurmstepd-cpu-node-105: error: execve(): nextflow: No such file or directory
srun: error: cpu-node-105: task 0: Exited with exit code 2
Vu que ce post n'a pas eu de réponse, je me dis que la réponse est peut-être triviale mais je n'arrive cependant pas à me débloquer.
Help?
MA
Bonjour,
Il y a un problème en cours avec les commandes modules (Problème persistant avec la commande SLURM `module`, etc).
En cours de résolution... Nous revenons vers vous quand c'est résolu.
C'est résolu.
Désolé du désagrément. Merci de revenir vers nous en cas de problème.