Bonjour et merci de prendre le temps de répondre.
Effectivement, je mets trop de flags.
J'ai essayé en n'utilisant que snakemake --profile slurm/ -s workflow/Snakefile --use-singularity --use-conda seulement mais ça ne fonctionne pas. Même erreur.
Par contre la commande snakemake --dag | dot -Tpng > dag.png génère sans problème un graphe correct.
J'avais laissé le module slurm-drmaa actif en effet, sans l'utiliser (et il est abandonné dans la version 8). J'ai testé en le retirant mais pas mieux.
J'utilise conda en plus de singularity car j'ai deux wrappers. J'ai aussi des envmodules qui trainent mais inactifs.
Je vais vous rajouter au projet invalbo. Il me faudrait par contre votre User ID pour que je puisse vous ajouter.
le test s'effectue dans le répertoire slurm-test. Il y a un script bash pour lancer les commandes et collecter les stats, un Snakefile modularisé et des modules (map.smk, polishing.smk, stats.smk et calling.smk - ne pas tenir compte des autres qui ne sont pas à jour).
Merci pour l'aide apportée. Je pense que ce n'est pas un grand problème, mais je n'arrive pas à le résoudre.
EDIT : pour info j'ai lancé la commande snakemake --cores 1 --debug qui a donné le résultat suivant :
snakemake --cores 1 --debug
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1 (use --cores to define parallelism)
Rules claiming more threads will be scaled down.
Conda environments: ignored
Singularity containers: ignored
Job stats:
job count min threads max threads
---------------------- ------- ------------- -------------
all 1 1 1
bwa_mem 22 1 1
fastqc 44 1 1
mark_duplicates 22 1 1
samtools_index_markdup 22 1 1
trimmomatic 22 1 1
total 133 1 1
Select jobs to execute...
[Thu Feb 29 11:22:51 2024]
rule fastqc:
input: raw/Sample_6_EKDN230051728-1A_H2F5FDSXC_L3_R2.fastq.gz
output: qc/fastqc/Sample_6_EKDN230051728-1A_H2F5FDSXC_L3_R2_fastqc.html, qc/fastqc/Sample_6_EKDN230051728-1A_H2F5FDSXC_L3_R2_fastqc.zip
log: results/11_Reports/quality/fastqc/Sample_6_EKDN230051728-1A_H2F5FDSXC_L3_R2.log
jobid: 35
reason: Missing output files: qc/fastqc/Sample_6_EKDN230051728-1A_H2F5FDSXC_L3_R2_fastqc.html; Code has changed since last execution; Params have changed since last execution
wildcards: sample=Sample_6_EKDN230051728-1A_H2F5FDSXC_L3, reads=2
resources: tmpdir=/tmp, partition=fast, mem_mb=8000, mem_mib=7630, runtime=600
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/projects/invalbo/slurm-test/.snakemake/scripts/tmppf5p0vkw.wrapper.py", line 17, in <module>
from snakemake_wrapper_utils.snakemake import get_mem
ModuleNotFoundError: No module named 'snakemake_wrapper_utils'.
J'avais déjà eu cette erreur à la même époque il y a un an. Je viens de voir que la Team IFB-core a installé ce package dans snakemake 8.0.1. Je vais tester.