ModuleNotFoundError: No module named 'snakemake_wrapper_utils'

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour,
Je suis entrain de déployer un pipeline en snkamake qui utilise des wrappers.
J'utilise module load snakemake/7.7 pour activer snakemake.
Quand je demande l'activation des environnements, j'ai une erreur de type :

Select jobs to execute...

[Tue Jan 31 15:06:45 2023]
Job 18: Samtools view conversion of sample sam in bam format

[Tue Jan 31 15:06:45 2023]
Job 9: BWA-MEM mapping SN21_01627 sample reads against reference genome sequence

Activating environment modules: bwa/0.7.17
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/projects/aedes_amplicon/shave/.snakemake/scripts/tmpzxcty_rf.wrapper.py", line 12, in
from snakemake_wrapper_utils.samtools import get_samtools_opts
ModuleNotFoundError: No module named 'snakemake_wrapper_utils'

J'ai tenté d'installer ce package manquant mais rien n'y fait.

Comment puis-je régler ce problème ?

Cordialement,

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@team.workflow une idée ?

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snakemake_wrapper_utils est un package python, le mieux serait de l'ajouter au module snakemake/7.7.0, @team.software Il est dispo via conda (bioconda).

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Mieux vaut tard que jamais.
Pour une autre demande, je suis retombé sur celle-ci.

snakemake_wrapper_utils est maintenant disponible dans l'env snakemake/8.0.1

Désolé :confused:

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