Software détection de variants structuraux

Bonjour @team.software,

serait-il possible d'installer ces 3 logiciels de détections des variants structuraux/CNVs :

Ces logiciels nous seront utiles pour une étude en cours d'identification de CNV/SV dans des familles de patients et de comparaison de logiciels.

Merci beaucoup,
A bientôt

Théo

Bonjour @tferreira

En cours d'installation : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/338

Je viens de réagir sur l'absence de solution simple d'installation de Speedseq : https://github.com/hall-lab/speedseq/issues/142
Si d'ici quelques jours, je n'ai pas de réponse, on pourra envisager un portage sous Singularity à défaut de Conda. N'hésitez pas à nous relancer.

UN-CNVc semble être essentiellement des scripts bash et R. Nous n'avons peut-être pas besoin de les installer ? Ses dépendances semblent d'ores-et-déjà disponibles sur le cluster.

module load bcftools/1.10.2 r/4.0.2

@gildaslecorguille
Merci beaucoup, je reviendrai vers vous pour la suite de Speedseq.
Pour UN-CNVc effectivement je vais tenter de le faire tourner !

module load deepvariant/1.0.0

A vérifier, si il ne fonctionne pas, j'ai une autre piste :slight_smile:

Après plusieurs tentatives, le lancement classique : srun deepvariant renvoie command not found. Essayons l'autre piste mais il y a peut être un lancement particulier que je n'ai pas appliqué .
Les deux softwares ne sont pas des plus évidents à mettre en place :sweat_smile: désolé !

Bonsoir,

De ce que je comprends de la doc, ce n'est peut-être pas "deepvariant" qu'il faut lancer mais plutôt des commandes du genre dv_call_variants.py ou dv_postprocess_variants.py ...

Mais peut-être aussi que le package conda n'inclue pas tout les binaires du docker original.

Apparement il y'a pas tout, et il y'a des soucis avec le build, d'aprés les commentaires du fichier de build conda: