SortMeRNA - Problème d'allocation de mémoire

Bonjour à toutes et à tous,

J'utilise occasionnellement le cluster pour faire le mapping d'un transcriptome.
J'ai un soucis avec SortMeRNA:
J'ai un workflow snakemake qui fonctionne avec des échantillons paired-end contenant environ 25 millions de reads mais il bloque pour, je pense, un problème d'allocation de mémoire pour la règle SortMeRNA avec des échantillons paired-end d'environ 50 millions de reads. La version de SortMeRNA que j'utilise est 4.3.6.
L'arrêt se fait toujours après le splitting des fichiers, l'alignement ne démarre jamais.

Serait-il possible de m'aider à bien allouer la mémoire, j'ai déjà testé différentes possibilités mais il y a toujours un arrêt avant l'alignement.

Message: Segmentation fault (core dumped)

Voici un exemple de ressources que j'ai mises:

config (snakemake):
sortmerna:
    runtime: 240
    cpus_per_task: 8
    nodes: 1
    tasks: 1
    mem_mb: 32000

Lorsque je consulte les issues de SortMeRNA Issues · sortmerna/sortmerna · GitHub, je vois qu'il semble que ce soit un problème rencontré par d'autres mais je n'ai pas de solution.

Je vous remercie par avance.
Cordialement,
Dominique

Il faudrait partager votre script snakemake (et la commande que vous lancez sur le cluster) pour voir comment vous allouez la mémoire dans les règles. Merci!