Bonjour,
Je suis ingénieur en biologie moléculaire au CHU de la Réunion et je suis en charge de l'envoi des tableaux Emergen.
Il nous arrive d'avoir quelques fois des séquences de qualité insuffisante pour être rendues (résultat VAR_IND ou PRL_NC). Nous les séquençons une seconde fois si cela est possible.
Peut on soumettre dans Emergen DB une seconde fois un même prélèvement? Peut on renvoyer un nouveau tableau avec le même numéro de prélèvement, avec une date et un résultat de séquençage différent?
Je vous remercie pour votre aide.
Etienne Frumence
Réponse brève: vous pouvez sans problème soumettre un nouveau séquençage d'un prélèvement, pour autant que les dates de résultat diffèrent.
Les détails
Dans la version actuelle d'EMERGEN-DB, il faut que la date de résultat du nouveau séquençage diffère de celle du (des) précédent(s) car nous construisons pour chaque résultat de séquençage un identifiant unique en concaténant numéro de prélèvement, acronyme de plateforme et date du résultat de séquençage .
Quand une plateforme soumet un nouveau résultat de séquençage pour un même prélèvement, nous conservons les médatonnées de l'ancien (pour la traçabilité) mais nous le marquons obsolète, et pour les analyses nous ne prenons en compte que le dernier résultat soumis pour chaque prélèvement.
Ce système permet donc de refaire des séquençages jusqu'à obtenir une séquence de qualité suffisante.
Par contre, il ne permet pas de corriger des erreurs d'annotation dans les métadonnées d'un ancienne séquence. Nous ajouterons cette fonctionnalité en septembre, en ajoutant à l'identifiant unique un numéro de version, qui sera incrémenté chaque fois qu'on modifiera les annotations (métadonnées) d'un échantillon. Ici aussi, nous conserverons systématiquement la trace des anciennes annotations (qui seront marquées obsolètes pour les analyses).