SPIEC_EASI et RStudio

Bonsoir à tous,

Je vous contacte car hier tout allait bien, j'avais RStudio qui tournait normalement sous Phyloseq et le package Spiec Easi...
Et ce soir je me reconnecte, le package complet de Phyloseq a disparue il a fallu que je le réinstalle ? Bizarre non ? Et maintenant impossible d'installer Speic-Easi !
Je suis donc complétement bloqué pour mes analyses, merci de votre aide.

MAJ ce matin : nouvel essai d'installation avec commandes :
require(devtools)
install_github("zdk123/SpiecEasi")
require(SpiecEasi)

Un message d'erreur équivalent au début mais qui n'a pas bloqué.... je comprends pas du tout mais c'est tant mieux.
Par contre ce que je ne comprends pas et qui est peut-être plus embettant c'est la disparition d'un package comme ça dans la nuit ? Est-ce qq chose que vous avez déjà rencontré ? Un moyen d'éviter ça ?

Merci à vous et bon we,

Mathias

Bonjour,

L’environnement R (et donc Rstudio) a été mis à jour hier, du coup les packages n’était plus disponible temporairement.

A priori tout est a nouveau disponible. Excusez nous pour le dérangement.

Bonsoir,

Ok je comprends mieux :wink: !
Du coup c'est moi qui ait loupé un mail dans lequel vous preveniez de cette maj ou l'info n'a pas été envoyée ?
Si c'est la seconde solution, n'hésitez pas à faire une info... comme ça on gardera encore quelques touffes de cheveux :slight_smile: !
De quelle misa à jour parlez vous d'ailleurs ? Est-il possible d'avoir des précisions ? Cela peut-il impacter nos anciens pipelines sous R ?
Merci à vous pour votre réponse par avance.

Mathias

Bonjour Mathias,

Quelques éléments de réponses.

Il y a eu un gros boulot (merci @Francois et @nc-support) pour uniformiser les versions de R (et les packages installés) entre la version R utilisable sur le cluster et celle utilisée dans RStudio. C'est aujourd'hui la même version depuis quelques semaines (cf Mise à jour de R sur le serveur RStudio).
Une nouvelle version de R (3.6) a aussi été déployé à ce moment là (il y a eu une communication par email mais vous êtes peut-être passé à travers les mailles).

Bref, l'environnement R de base est maintenant installé par conda depuis le dépôt de gestion des logiciels (https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools) et les packages R déployés via un dépôt dédié (https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/r-packages).
Ce fonctionnement étant encore récent, il y a eu quelques ajustements pour pouvoir installer certaines librairies R (qui parfois sont liées à des paquets systèmes). Il peut alors arriver qu'il y ait une interruption temporaire mais cela devrait rester assez rare.
Vous pourrez observer il y a quelques jours les modifications apportés à ce propos (par exemple: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/commit/f141ccef492691efe88665510f26c6af3ddd1187).
Il n'y a pas d'impacts à ma connaissance sur les pipelines.

François me corrigera si je dis trop de bêtises.

Dans tous les cas on retiens votre besoin d'information et on continue d'accentuer la communication.

Bonne journée

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Bonjour,
Ok merci pour ces précisions et oui je suis manifestement passé entre les gouttes mais je suis preneur effectivement de plus d'info à ce sujet pour anticiper si possible et surtout pas passer du temps à essayer de débugger alors qu'en fait c'est pas mon coté qui pose problème.
Je suis un utilisateur de RStudio beaucoup sur le cluster donc pour R en ligne de commande par contre je vous embêterai pas comme Jacques :wink: ! Et je suis d'ailleurs pour qu'on attende un peu avant de télécharger la version 4.0 histoire que nos packages fonctionnent tous bien sur la nouvelle version.

A propos de RStudio, impossible de le charger depuis 16h30 j'ai l'impression... :pleading_face:
Voilà en espérant que ça va se régler rapidement, mais je vais passer sur RStudio en local probablement une ces jours même si pour mes fichiers qui sont sur le cluster c'est bcp plus simple.
Merci à vous !
Mathias

Bonjour Mathias,

C'est bien noté.

A priori RStudio fonctionne.
On a eu une grosse saturation hier mais aujourd'hui ça roule de mon côté.

Quel est le souçis exactement ?

Bonsoir,

En fait je lance sur mon compte à partir d'un navigateur avec l'adresse "rstudio.clsuter" et ça tourne sans se logger.... j'avais lancé une commande dans R qui a semble-t-il bugger... et j'ai l'impression que ça m'empêche de me relogger comment puis-je me sortir de ça ?
Y a t il un moyen de faire un reset via une fenêtre X à partir de l'IFB ?
Merci

Il peut arriver qu'il y ait un blocage (je sais pas bien pourquoi).
J'ai suspendu votre session sur le serveur RStudio pour que ce soit plus rapide (sinon il faut attendre).

Pouvez-vous réessayer ?

Ok d'accord. Pour l'instant pas d'amélioration... :pensive:

MaJ : C'est bon !! merci ! Je suis de nouveau connecté !!

Bonne soirée et merci beaucoup pour votre réactivité et réponses à des heures tardives :wink:

Mathias

Bon ben j'ai été plus radical, j'ai tué la session.

Sinon, c'est que le problème ne vient pas de là.
Si besoin, vous pouvez aussi essayer de réinitialiser votre environnement en renommant le dossier ~/.rstudio.

Ok très bien ! Merci
Est-ce que je peux tuer la session moi-même sans vous embêter si ca se reproduit ?

Je sais pas si ce sera possible mais c'est bien sur notre liste de truc à regarder (pouvoir tuer sa session).

Ok parfait ça me semble une excellente idée :wink: ! J'attends des news à ce propos.
Merci beaucoup pour tout en tous les cas pour l'aide précieuse et la réactivité :+1:.
Bonne journée,

Mathias