Bonjour Mathias,
Quelques éléments de réponses.
Il y a eu un gros boulot (merci @Francois et @nc-support) pour uniformiser les versions de R (et les packages installés) entre la version R utilisable sur le cluster et celle utilisée dans RStudio. C'est aujourd'hui la même version depuis quelques semaines (cf Mise à jour de R sur le serveur RStudio).
Une nouvelle version de R (3.6) a aussi été déployé à ce moment là (il y a eu une communication par email mais vous êtes peut-être passé à travers les mailles).
Bref, l'environnement R de base est maintenant installé par conda depuis le dépôt de gestion des logiciels (https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools) et les packages R déployés via un dépôt dédié (https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/r-packages).
Ce fonctionnement étant encore récent, il y a eu quelques ajustements pour pouvoir installer certaines librairies R (qui parfois sont liées à des paquets systèmes). Il peut alors arriver qu'il y ait une interruption temporaire mais cela devrait rester assez rare.
Vous pourrez observer il y a quelques jours les modifications apportés à ce propos (par exemple: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/commit/f141ccef492691efe88665510f26c6af3ddd1187).
Il n'y a pas d'impacts à ma connaissance sur les pipelines.
François me corrigera si je dis trop de bêtises.
Dans tous les cas on retiens votre besoin d'information et on continue d'accentuer la communication.
Bonne journée