Bonsoir à tous,
J'essaye de faire tourner la fonction : makeOrgPackageFromNCBI du package "AnnotationForge" dans RStudio sur le cluster de l'IFB avec la command suivante :
makeOrgPackageFromNCBI(version = "0.0.1",
author = "MLR",
maintainer = "MLR BLaBLah@gmail.com",
outputDir = ".",
tax_id = "1282",
genus = "Staphylococcus",
species = "epidermidis",
verbose = TRUE)
Après quelques seconde de travail j'obtiens l'erreur suivante
Error in result_bind(res@ptr, params) : disk I/O error
Error in result_create(conn@ptr, statement) :
no such savepoint: dbWriteTable
J'ai l'impression que c'est un blocage pour l'écriture est-ce que quelqu'un a une solution ?
Qui a déjà réussit à faire fonctionner "makeOrgPackageFromNCBI" ?
Merci de toutes pistes pour résoudre mon problème.
Mathias LR
Bonjour Mathias,
makeOrgPackageFromNCBI génère de nombreux fichiers (gene*.gz, NCBI.sqlite) qui occupent plusieurs dizaine de Go.
Du coup, vous avez atteint votre quota pour le "home directory" (100Go sur /shared/home/mlavierichard).
Je vous invite donc à nettoyer votre home directory et à utiliser plutôt un espace "projet" (quota plus élevé).
Soit l'espace projet actuellement affecté (/shared/projects/du_bii_2019), soit en demandant un nouvel espace projet qui vous sera propre.
Une fois dans RStudio, avant de lancer makeOrgPackageFromNCBI, il faudra alors se positionner dans le répertoire:
setwd("/shared/projects/<monprojet>")
En effet, il semble que par défaut les fichiers sont générés dans le répertoire de travail.
Bon après-midi
Bonjour,
Merci beaucoup pour la réponse. Effectivement j'avais des gros fichiers sur mon home directory j'ai donc fait du ménage 
!
Et c'est relancé sur projects dans un répertoire chez moi spécifique... à suivre !