This post is dedicated to suggestion of Galaxy tools' installation and request for specific Galaxy tool versions regarding the workflow4metabolomics usegalaxy sub-domain.
A Galaxy tool seems to be missing? A version of a Galaxy tool you need is not installed and the one available can not be used as substitute? Here is the place to ask.
In your posts, please try to precise the following:
the context of your request or the reason you suggest this installation
Bonjour, dans le cadre de la migration de l'ancienne à la nouvelle version de W4M je n'ai pas pu lancer mon workflow car il manque la bonne version de 2 outils utilisés : XCMS Group version 2.1.1 XCMS Retcor version 2.1.1
Serait-il possible d'installer cette version pour que je puisse finaliser ma migration?
Il manque également le module suivant qui n'est pas installer sur la nouvelle instance : Metabolites Correlation Analysis
la version qui m'intéresse est la suivante : Galaxy Version 20140616
Merci par avance. Carole
Afin de pouvoir transférer un workflow de l'ancienne instance.
Serait-il possible d'ajouter la version 2.1.1 de XCMS findChromPeaks ?
xcms findChromPeaks (xcmsSet) version '2.1.1'
@gildaslecorguille c'est ok pour xcmsSet 2.1.1,
mais c'est étrange pour Transformation et Heatmap des versions équivalentes sont installées, mais l'outil d'import de workflow ne les "voit" pas.
Je vais editer mon workflow pour ces deux étapes.
Merci
Les outils demandés sont maintenant tous disponibles sur usegalaxy.fr.
Pour l'outil MCA, il s'agit d'une version plus récente du wrapper Galaxy (Galaxy Version 1.0.1+galaxy0) mais le code derrière est bien le même. Il peut donc être utilisé sans soucis en lieu et place de la version 20140616.