Suggestions of tool installation

Workflow4Metabolomics Instance
#1

This post is dedicated to suggestion of Galaxy tools' installation and request for specific Galaxy tool versions regarding the workflow4metabolomics usegalaxy sub-domain.

A Galaxy tool seems to be missing? A version of a Galaxy tool you need is not installed and the one available can not be used as substitute? Here is the place to ask.

In your posts, please try to precise the following:

  • the context of your request or the reason you suggest this installation
  • the exact Galaxy tool name
  • the exact Galaxy version of the tool you need

Thank you in advance.

About the Intance category
Demande d'installation de versions particulières de XCMS et d'outil manquant
#2

Bonjour, dans le cadre de la migration de l'ancienne à la nouvelle version de W4M je n'ai pas pu lancer mon workflow car il manque la bonne version de 2 outils utilisés :
XCMS Group version 2.1.1
XCMS Retcor version 2.1.1
Serait-il possible d'installer cette version pour que je puisse finaliser ma migration?
Il manque également le module suivant qui n'est pas installer sur la nouvelle instance :
Metabolites Correlation Analysis
la version qui m'intéresse est la suivante : Galaxy Version 20140616
Merci par avance. Carole

#3

Bonjour @cmigne

sont en court d'installation

@melpetera, n'avons nous pas un outil alternatif pour Metabolites Correlation Analysis ?

#4

Ces versions sont maintenant disponibles.

#5

Bonjour,

Afin de pouvoir transférer un workflow de l'ancienne instance.
Serait-il possible d'ajouter la version 2.1.1 de XCMS findChromPeaks ?
xcms findChromPeaks (xcmsSet) version '2.1.1'

Il nous manque également deux outils
Tool is not installed
toolshed4metabolomics.sb-roscoff.fr:9009/repos/cea/transformation/Transformation/2.0.0; 2015-04-30
toolshed4metabolomics.sb-roscoff.fr:9009/repos/cea/heatmap/Heatmap/2.1.1

@Lain, @gildaslecorguille

Merci d'avance
Yann

Edit: il semble que la revision 2.1.1 est - 363cce459fff

du coup j'ai testé https://gitlab.com/ifb-elixirfr/usegalaxy-fr/tools/-/merge_requests/155

#6

Héhé, on fait comment pour ceux-là ?

#7

Bonjour,

comme l'adresse commence par sb-roscoff, j'avais pas imaginé qu'elle pointait vers un repo inaccessible.

du coup je ne sais pas ...

mais j'ai trouvé ça

Edit :sur usegalaxy.fr il y a Transforms the dataMatrix intensity values (Galaxy Version 2.2.0)

Yann

#8

et pour heatmap j'ai trouvé

#9

Du coup, on est bon ?

#10

@gildaslecorguille c'est ok pour xcmsSet 2.1.1,
mais c'est étrange pour Transformation et Heatmap des versions équivalentes sont installées, mais l'outil d'import de workflow ne les "voit" pas.

Je vais editer mon workflow pour ces deux étapes.
Merci

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#11

Super que tu es pu prendre la main sur usegalaxy.fr pour installer l'outil qu'il te manquait :kissing_heart:

#12

Bonjour @cmigne

Les outils demandés sont maintenant tous disponibles sur usegalaxy.fr.

Pour l'outil MCA, il s'agit d'une version plus récente du wrapper Galaxy (Galaxy Version 1.0.1+galaxy0) mais le code derrière est bien le même. Il peut donc être utilisé sans soucis en lieu et place de la version 20140616.

A bientôt,
Mélanie