Bonjour,
Je me permets de réitérer une demande faite il y a deux semaines et restée sans réponse : serait-il possible d'installer une version plus récent de Trinotate s'il vous plait ?
Quel est le délais attendu pour ce type d'installation ?
Je vous remercie encore,
Thomas.
Bonjour @TSolDour,
La version 4.0.2 de Trinotate a été installée sur le cluster : module load trinotate/4.0.2
Bonne journée,
Bonjour,
Il semble qu'il y ait un défaut dans l'installation de la nouvelle version.
Lorsque je run Trinotate --create... pour créer la base de données qu'utilisera Trinotate, je me retrouve avec ce message d'erreur :
-CREATING myTrinotate.sqlite and populating data dir: /shared/projects/rnasep/5-AssemblyAnnotation/Trinotate/Data
CMD: mkdir -p /shared/ifbstor1/projects/rnasep/5-AssemblyAnnotation/Trinotate/Data
Can't exec "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/util/admin/Build_Trinotate_Boilerplate_SQLite_db.pl": No such file or directory at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/lib/perl5/site_perl/Pipeliner.pm
line 176.
Error, cmd: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/util/admin/Build_Trinotate_Boilerplate_SQLite_db.pl TrinotateBoilerplate died with ret -1 No such file or directory at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0
.2/lib/perl5/site_perl/Pipeliner.pm line 187.
Pipeliner::run(Pipeliner=HASH(0x56413519cfb8)) called at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/Trinotate line 439
main::run_Trinotate_create("myTrinotate.sqlite", "/shared/projects/rnasep/5-AssemblyAnnotation/Trinotate/Data") called at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/Trinotate line 248
Et effectivement, le chemin d'accès pour le fichier "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/util/admin/Build_Trinotate_Boilerplate_SQLite_db.pl" utilisé par Pipeliner.pm n'est pas bon, puisque le fichier Build_Trinotate_Boilerplate_SQLite_db.pl se trouve directement dans /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/.
Je ne pense pas avoir les droits pour modifier cela. Pourriez-vous vous en charger s'il vous plait ?
Ou peut-être réinstaller l'outils correctement, je pense que le problème se posera pour tous les fichiers utils de Trinotate...
Je vous remercie,
Thomas.
Le problème se trouve en fait directement dans le fichier source de Trinotate : /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/Trinotate
Les scripts Perl sont appelés par des chemins d'accès contenant du type /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/util/admin/ ou /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/util/ alors que ces dossiers n'existent pas sur le cluster et que les scripts se trouvent directement dans /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinotate-4.0.2/bin/
Avez-vous la possibilité de modifier cela ?