Bonjour à tous,
Lors de la réunion lundi , il a été évoqué que l'IFB pourrait soumettre les séquences à GISAID. Certains centres soumettent leurs séquences et afin d'éviter les doublons il a été convenu de vous fournir un tableau de concordance "en-tête fasta" et ID GISAID. Lors de l'import nous pouvons soumettre qu'un seul tableur excell par quel moyen souhaitez vous qu'on vous fournisse ce tableur de concordance ? Au sein du tableur de métadonnées je n'ai pas trouvé d'endroit optimal pour le notifier...
En vous remerciant d'avance de votre retour
Bonne journée à tous
Claire Grolhier
AHU Virologie
CHU Rennes
Nous reviendrons vers vous en début de semaine prochaine concernant la question de ces tableaux de correspondance entre prélèvements EMERGEN et séquences GISAID.
Il s'agit d'une procédure indépendante pour différentes raisons:
- Nous voulons établir la correspondance pour tous les prélèvements passés
- Pour les prélèvements futurs, nous vous demandons de soumettre les métadonnées et séquences à EMERGEN-DB sans délai, alors qu'il faudrait quelques heures à quelques jours pour obtenir un ID de GISAID
- Il faut soumettre dans EMERGEN-DB l'ensemble des résultats, même si la qualité ne suffit pas pour passer dans GISAID.
Pour information, puisque nous disposons désormais des séquences consensus, nous avons déjà mis en place la procédure pour refaire tourner régulièrement nextclade et pangolin sur l'ensemble des séquences d'EMERGEN-DB, et nous maintenons, séparément de vos annotations initiales, des tableaux complets de résultats nextclade et pangolin, qui incluent les différents indices de qualité de nextclade. Nous pourrons donc ensuite décider d'afficher ou non des résultats sur base de seuils de qualité définis ensemble, voire de critères définis par chaque usager en fonction de ses besoins.