@team.bank Demande de creation fichier .dic

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
Afin d'utiliser GATK HaplotypeCaller, j'aurais besoin du fichier .dic associé au fasta du genome de Neofusicoccum parvum.
Pourriez-vous le créer ?
Merci

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Ping @team.bank (en vrai moi)

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Pouvez-vous me dire la commande pour générer ce .dic (il y a tellement de format) ?

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Bonjour,
Il semble que ce soit avec CreateSequenceDictionary.jar de Picard pour créer un .dict à partir d'un fichier fasta

java -jar CreateSequenceDictionary.jar R= .fasta O= .dict
Merci

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Si c'est ça, il est déjà disponible :
/shared/bank/neofusicoccum_parvum/UCRNP2V3/picard/GCF_000385595.1_UCRNP2V3_genomic.dict

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Oups, je n'avais pas vu. Désolé et Merci.

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Bonjour Gildas @team.bank ,

GATK semble ne pas aimer que ce .dict ne se trouve pas dans le même dossier que le génome de référence et son index. Il y a déjà un lien symbolique vers la référence dans le dossier picard, mais pas vers l'index. Pourrais-tu l'ajouter pour qu'on teste si c'est bien le problème ? J'ai vu que pour Bos taurus, par exemple, il y a un lien vers le .fai dans le dossier picard de la bête.
Merci pour ton aide.

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Salut Olivier,
Merci pour l'info. J'ai fait un lien symbolique du .fai dans le dossier picard.
Je vais faire le tour des banques disponibles pour rectifier si besoin