Bonjour,
j'aurais besoin de l'index hg38 pour hisat2. Il existe des pre built, mais je ne suis pas bien sure de moi.
Merci d'avance!
Magali
Vous pouvez récupérer l'index hisat2 pour hg38 sur mon projet:
[mhennion@clust-slurm-client shared]$ ll /shared/projects/lxactko_analyse/RASflow/index/hg38
total 4554733
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 1020663384 Nov 19 2015 genome.1.ht2
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 762328952 Nov 19 2015 genome.2.ht2
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 15065 Nov 19 2015 genome.3.ht2
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 762328946 Nov 19 2015 genome.4.ht2
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 1342456349 Nov 19 2015 genome.5.ht2
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 776249234 Nov 19 2015 genome.6.ht2
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 8 Nov 19 2015 genome.7.ht2
-rw-rw----+ 1 mhennion mhennion 8 Nov 19 2015 genome.8.ht2
-rwxrwx---+ 1 mhennion mhennion 1292 Nov 20 2015 make_hg38.sh
Il a été téléchargé sur cloud.biohpc.swmed.edu et je l'ai testé.
[mhennion@clust-slurm-client index]$ wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hg38/download
--2020-05-25 11:03:21-- https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hg38/download
Resolving cloud.biohpc.swmed.edu (cloud.biohpc.swmed.edu)... 129.112.9.92
Connecting to cloud.biohpc.swmed.edu (cloud.biohpc.swmed.edu)|129.112.9.92|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 4355786349 (4,1G) [application/x-gzip]
Saving to: ‘download’
100%[==========================================================================================================================>] 4 355 786 349 24,6MB/s in 2m 51s
2020-05-25 11:06:13 (24,3 MB/s) - ‘download’ saved [4355786349/4355786349]
[mhennion@clust-slurm-client index]$ mv download hg38.tar.gz
[mhennion@clust-slurm-client index]$ tar -zxvf hg38.tar.gz
Merci
Bonjour @Mag,
La banque indexé hg38 piur hisat2 est maintenant disponible ici :
/shared/bank/homo_sapiens/hg38/hisat2
Super! Merci beaucoup!